Задание 1
Осущиствив Wizard->Demo->Sculpting можно увидеть молекулу, радиусы атомов которой представляют прозрачные сферы, а внутри четко видны химические связи ввиде стержней. При этом молекула подвижна, она откликается на изменения, проводимые мышью.
Задание 2,3
Прежде, чем вводить какую-либо мутацию, оценила контакты лиганда с белком. На рисунке черным пунктиром представлены
связи, которые лиганд (красный) образует с белком (взаимодействующие остатки представлены желтым).
 |
Чтобы лиганд потерял способность связываться с белком проще всего создать для него стерические затруднения.
Например, заменить одну из небольших аминокислот, взаимодействующих с лигандом на достаточно массивную, перекрывающую
своим радикалом ложбинку, в которую входит лиганд. С этой целю я выбрала Asn46 и заменила его на Trp. Если судить
по изменившемуся отображению поверхности белковой молекули - фокус удался.
На рисунке слева исходный комплекс, а справа зеленым выделена произведенная мутация.
 |
 |
 |
Анимационный ролик, где происходит совмещение белков и показывается место мутации.
Скрипт, по которому создан ролик.
Задание 4
Метка обладает двумя карбоксильными группами, значит для присоединения необходимо найти аминокислоту с -OH группой. В моем случае это Tre.
Задание 5
С помощью данного скрипта создана цепочка из сотни аланинов.
