Суть задания ознакомиться с программой ZDOCK и сделать
предсказание о свзывании фрагмента антитела (VHH domain)
c панкреатической альфа-амилазой.
Копируем в рабочую директорию файлы:
amilase.pdb
camelid.pdb
uniCHARMM
Сначала добавляем водороды:
pdb2gmx -f amilase.pdb -o amilase_h.pdb -p -ignh pdb2gmx -f camelid.pdb -o camelid_h.pdb -p -ignh
С помощью утилиты mark_sur проведем препроцессинг файлов pdb.
mark_sur amilase_h.pdb amilase_m.pdb mark_sur camelid_h.pdb camelid_m.pdbРезультаты:amilase_m.pdb, camelid_m.pdb. Утилита mark_sur добавляет информацию о радиусе, заряде и типе атомов. Для дальнейшей работы из выходных файлов были удаляем строчки MODEL и TER. Запускаем докинг:
zdock -R amilase_h_m.pdb -L camelid_h_m.pdbПолучаем файл - zdock.out. Для работы утилиты zrank необходимо, чтобы в pdb-файлах перед строчками, описывающими атомами была хотя бы одна пустая строка. Так же нужно удалить вторую строчку из zdock.out.
zrank zdock.out 1 2000Результат - таблица, где напротив каждой модели указан ее вес.
Создание pdb-файлов моделей:
create.pl zdock.outДля работы этой утилиты нужен файл create_lig. Так же понадобилось удалить третий столбец в первой строчке файла zdock.out. Тогда результатом работы create.pl является 1999 pdb-файлов моделей. Для поиска в наших результатах структуры наиболее близкой к результату РСА можно использовать скрипт на bash с использованием g_rms.