Задание 1
С помощью obgen из файла в формате smi была получена 3D-стркутура порфирина:
Как видно на картинке, структура не находится в одной плоскости и в ней присутствуют лишние водороды,
которые следует удалить.
С помощью babel и MOPAC (параметризация PM6) была полученаш структура порфирина. Эта структура была конвертирована в pdb с помощью babel.
То же было проделано с параметризацией AM1.
Видно, что MOPAC в обоих случаях выдает плоскую структуру, какой она в реальности и должна быть.
Задание 2
Во входной файл для MOPAC были добавлены следующие строки:
cis c.i.=4 meci oldgeo
some description
В результате на выходе получили следующую таблицу:
STATE ENERGY (EV) Q.N. SPIN SYMMETRY POLARIZATION
ABSOLUTE RELATIVE X Y Z
1+ 0.000000 0.000000 1+ SINGLET ????
2 1.915176 1.915176 1 TRIPLET ????
3 2.267958 2.267958 2 SINGLET ????
4 2.466034 2.466034 2 TRIPLET ????
5 2.827124 2.827124 3 TRIPLET ????
6 3.366044 3.366044 4 TRIPLET ????
7 3.393080 3.393080 3 SINGLET ???? 0.1971 0.2425 0.0019
8 3.669831 3.669831 4 SINGLET ???? 2.4324 1.9886 0.0142
9 3.872391 3.872391 5 SINGLET ???? 1.5095 1.8154 0.0135
The "+" symbol indicates the root used.
По формуле E = hv были найдены частоты и длины волн:
Задание 3
Первоначальная структура парабензохинона, определенная с помощью obgen и Mopac
Структура, после оптимизации
Структура дианиона
После оптимизации нормализовалась структура бензольного кольца, а после создания
дианиона удленнились связи с кислородом (стали одинарные).
Задание 4
Исходная система с 0 зарядом
E = -3273.58217 EV
Система с зарядом +2
E = -3253.90755 EV
Вновь полученная система с зарядом 0
E = -3273.69464 EV
На мой взгляд, при добавлении электронов возбужденная система не перешла в исходное состояние, так как такой переход энергетически менее выгоден.