Бактерия Shigella flexeneri - важный патоген человека. Для борьбы с ней разрабатываются лекарства, а бактерия приобретает к ним устойчивость. Одна из мишеней препаратов - ДНК-топоизомераза. Она участвует в репликации ДНК, поэтому её инактивация снижает скорость размножения бактерий. Возможно, в связи с важностью этого белка для человека его аннотация проведена вручную - он лежит в базе Swiss-Prot.
Зашла на сайт "Википедии" и посмотрела какие антибиотики используются для лечения шигеллёза. (Страница). На странице про антибиотик ципрофлоксацин сказано, что он подавляет топоизомеразы 2 и 4. (Сначала я выбрала белок, который буду описывать, а уже потом разобралась, как пользоваться расширенным поиском в Uniprot, поэтому при выборе не было системы. Для того, чтобы выбор был более адекватным, можно было задать, например, такой запрос: "(taxonomy_id:623) AND (existence:1) AND (reviewed:true) AND (keyword:KW-0238)", где taxonomy_id:623-Shigella flexneri, а keyword:KW-0238 - DNa-binding, а там выбрать белок с "Annotation score=4" )
Топоизомеразы нейтрализуют супервитки ДНК или вносят их. У топоизомераз есть разные механизмы действия. Топоизомераза 4 вносит отрицательные супервитки. При работе она использует АТФ.
(protein_name:"DNA topoisomerase 4 subunit A") - 16,893 results
(protein_name:"DNA topoisomerase 4 subunit A") AND (taxonomy_id:2) #bacteria#- 16,821 results
(protein_name:"DNA topoisomerase 4 subunit A") AND (taxonomy_id:408169) #metagenome# -19
(protein_name:"DNA topoisomerase 4 subunit A") AND (taxonomy_id:2157) #archea# - 21
(protein_name:"DNA topoisomerase 4 subunit A")AND(taxonomy_id:2759) - #eucaria# - 13
(protein_name:"DNA topoisomerase 4 subunit A")AND(taxonomy_id:10239) - #Viruses#(Все из них - фаги) - 17
Эукариоты, у которых нашелся белок:
У архей этот белок мог появиться в результате горизонтального переноса, у фагов - был захвачен случайно в течение жизни внутри бактерии. В случае с эукариотами(и, может, с частью фагов и архей) бактерии могли загрязнить пробу, и их ДНК тоже попала в секвенатор. Также могли произойти ошибки при аннотировании.