выравнивания последовательностей 1

Глобальное парное выравнивание гомологичных белков

Protein Name	ID 1	ID 2	Score	% Identity	% Similarity	Gaps	Indels
ATP synthase subunit alpha	ATPA_ECOLI	ATPA_BACSU	1417.0	54.0%	72.0%	15	4
ATP synthase subunit beta	ATPB_ECOLI	ATPB_BACSU	1534.5	64.1%	78.0%	13	5
ATP synthase subunit c	ATPL_ECOLI	ATPL_BACSU	138.5	39.2%	59.5%	9	3

Локальное парное выравнивание гомологичных белков

Protein Name	ID 1	ID 2	Score	% Identity	% Similarity	Gaps	Indels	Coverage 1	Coverage 2
ATP synthase subunit alpha	ATPA_ECOLI	ATPA_BACSU	1423.0	54.5%	72.5%	13	3	99.4%	99.0%
ATP synthase subunit beta	ATPB_ECOLI	ATPB_BACSU	1534.5	64.6%	78.7%	9	4	100%	99.1%
ATP synthase subunit c	ATPL_ECOLI	ATPL_BACSU	138.5	43.7%	66.2%	2	1	96.2%	98.571%

Результат применения программ выравнивания к белкам с разными мнемониками

Programm	ID 1	ID 2	Score	% Identity	% Similarity	Gaps	Indels	Coverage 1	Coverage 2
needle	ATPA_ECOLI	ATPB_ECOLI	343.0	22.3%	38.9%	85	18	-	-
water	ATPA_ECOLI	ATPB_ECOLI	350	23.5%	41.0%	56	14	91.4%%	96.7%

Албфа и бета субъединицы могут быть гомологичны - у них относительно высокие Identity и Similarity, в выравнивании в программе water выделяются участки с очень высокой схожестью.

Множественное выравнивание белков и импорт в Jalview

Выбранный белок

Мнемоника - ATPB, полное имя - бета-бсубъединица АТФ-синтазы(ATP synthase subunit beta)

Для поиска белков - запрос в Uniprot:

(protein_name:"ATP synthase subunit beta") AND (reviewed:true) - 1030 результатов.

Из них - отбор выделенных бактериальных:

(taxonomy_id:2)AND (existence:1) AND (protein_name:"ATP synthase subunit beta") AND (reviewed:true) - 21 результат.

Далее выбирала из них.

Организмы, белки которых были выбраны:

• Mycobacterium tuberculosis
• Paracoccus denitrificans
• Escherichia coli O6:K15:H31
• Shigella flexneri
• Bacillus subtilis
• Moorella thermoacetica
• Moorella thermoacetica
• Thermosynechococcus vestitus

Как делалось выравнивание

В папке "ATP/" на кодомо - fasta-файлы, названные по мнемоникам белка и организма.

Команды:

echo ATPB* | tr ' ' '\n' > atpbeta.txt

seqret @atpbeta.txt atpb.fasta

muscle -in atpb.fasta -out atpb_alignment.fasta

Выравнивание в Jalview

Ссылка на проект

Ссылка на html-версию

Все белки гомологичны. Белок в целом консервативный, но можно выделить вариабельные участки: 0-20, 47-63, 124-134, 228-235, после 494 аминокислоты.