Сборка de novo

Скачивание чтений:


                wget ftp://ftp.sra.ebi.ac.uk/vol1/fastq/SRR424/009/SRR4240359/SRR4240359.fastq.gz

Создание файла с адаптерами:


                cp -r /mnt/scratch/NGS/adapters/ adapters
                cat adapters/* > adapters.fasta

TrimmomaticSE -phred33 SRR4240359.fastq.gz trimmed1.fastq.gz ILLUMINACLIP:adapters.fasta:2:7:7

Команда отрезает остатки адаптеров. Было выкинуто 55872 (0.41%) чтений.

TrimmomaticSE -phred33 trimmed1.fastq.gz trimmed2.fastq.gz TRAILING:20 MINLEN:32

Уделение с конца нуклеотидов с качеством меньше 20 и удаление чтений длины меньшей, чем 32. Было выкинуто 1317986 (9.76%) чтений.

velveth Assem 31 -short -fastq.gz trimmed2.fastq.gz

Программа создает из чтений к-меры длины 31.

velvetg Assem/

Собирает к-меры в контиги. Получившиеся к-меры хранятся в файле contigs.fa. N50 = 70607.

cut -f1,2,6,7 Assem/stats.txt | sort -r -nk2 | head

Самые длинные контиги

Контиги с аномально высоким покрытием

Контиги с низким покрытием