Нуклеотидные банки данных

Выбор организма

Для выполнения практикума я выбрала Danio rerio(zebrafish) - это модельный организм. В геноме 25 хромосом.

В запросе указала только сам вид, было найдено 17 геномов, для работы выбрала референсный. Уровень сборки - хромосомный: это значит, что как минимум одна хромосома в этом случае собрана, но между скаффолдами или контигами могут быть пропуски. В используемой сборке 25 хромосом - то есть представлены все хромосомы вида. Сборка является референсной - она образована объединением нескольких геномов и не относится к конкретному организму, но хорошо отражает геном данного вида.

Характеристики выборки

Идентификатор GenBank	GCA_000002035.4
Идентификатор RefSeq	GCF_000002035.6
Общий размер генома	1.4 Gb
N50	7.4 Mb
L50	44

N50 - Длина контига, для которого половина (50%) всех нуклеотидов сборки содержится в контигах такой и большей длины

L50 - Число контигов (наименьшее), в которых содержится половина (50%) всех нуклеотидов сборки