Нуклеотидный BLAST

Выбор последовательности внутри генома

Из первой хромосомы референсной сборки генома Danio rerio(идентификатор: GCA_000002035.4) был вырезан фрагмент 207950-215419.

В данный фрагмент попадает 1 ген - dcun1d2b(DCN1), в нем - 6 CDS.

Последовательность фрагмента

Поиск гомологичных последовательностей

Использование различных алгоритмов blast

• megablast - поиск почти идентичных нуклеотидных последовательностей
• blastn - поиск нуклеотидных последовательностей, которые могут не являться близкородственными
• blastx - поиск в нуклеотидной безе данных по белковой последовательности
• tblastx - поиск в транслированной нуклеотидной базе по транслированной нуклеотдной последоватльности

Целевым таксоном выбрала подкласс Хрящевые рыбы(cartilaginous fishes в blast). Во всех случаях blast запускался со стандартными параметрами.

• Megablast

  В выдаче более 100 последовательностей, но выравнивались только начало и конец найденных (скорей всего - промоторные и терминаторные последовательности). Среди попавших последовательностей нет DCN1.

  

• blastn

  В выдаче также последовательности разного происхождения, но появляется выровненный участок в середине.

  

• blastx

  Почти все последовательности среди верхних 100, попавших в выдачу - DCN1. Blast предполагает наличие доменных архитектур.

  

• tblastx

  Запустить не получилось - последовательность длинная, при транслированнии последовательностей уже 6, выравнивается с 6-ю транслированными нуклеотидными базами - сервер не запускает алгоритм(CPU usage limit was exceeded). Изменение длины слова и ранга таксона не дает результата(при относительно мелких таксонах выдача пустая)

Поиск генов рибосомальных РНК

Файл с геномом превышает квоту на диске, поэтому для дальнейшей работы выбран геном Saccharomyces cerevisiae(GCF_000146045.2, референсная сборка)

gzip -d GCA_000002035.4_GRCz11_genomic.fna.gz

gzip: GCA_000002035.4_GRCz11_genomic.fna: Disk quota exceeded

Для поиска использовался алгоритм blastn - рРНК не транслируются, поэтому эволюция последовательностей не зависит от соответствующего пептида и blastx и tblastx применять бессмысленно.

makeblastdb -in GCF_000146045.2_R64_genomic.fna -dbtype nucl

blastn -task blastn -query 16s_rRNA.fna -db GCF_000146045.2_R64_genomic.fna -out 16s_rRNA_blastn.txt -outfmt 7 -evalue 0.05

blastn -task blastn -query 23s_rRNA.fna -db GCF_000146045.2_R64_genomic.fna -out 23s_rRNA_blastn.txt -outfmt 7 -evalue 0.05

16s рРНК

23s рРНК

Находки есть и на аутосомах, и в митохондриальной ДНК(тк и там, и там закодированы рРНК). 16s рРНК выравнивается на 18s, 23s - на 35s.