Праки филогения

Второй практикум

Материалы для коллоквиума(2 практикум). Они будут жить здесь.

Взят белок RF1 - фактор терминации трансляции 1.

Метод построения	Формула	Картинка
MAFFT_FASTME	(ECOLI:0.071033,YERPE:0.093658,(HAEIN:0.21332,(SHEDO:0.268299,((ROSDO:0.263239,PARDP:0.247095):0.417373,(THIDA:0.236064,NEIMA:0.228346):0.035254):0.202581):0.043252):0.074451);	Первое
	((ROSDO:0.263239,PARDP:0.247095):0.2086865,((THIDA:0.236064,NEIMA:0.228346):0.035254,(SHEDO:0.268299,(HAEIN:0.21332,(ECOLI:0.071033,YERPE:0.093658):0.074451):0.043252):0.202581):0.2086865);	Переукорененнное
MAFFT_TNT	(PARDP,(ROSDO,(THIDA,(NEIMA,(SHEDO,(HAEIN,(ECOLI,YERPE)))))));	Нет дистанций
MAFFT_PHYML	(HAEIN:0.23818587,(ECOLI:0.07645022,YERPE:0.09084636):0.06242636,(SHEDO:0.28936931,((NEIMA:0.23993989,THIDA:0.24140403):0.07759939,(ROSDO:0.26766795,PARDP:0.24881556):0.47125964):0.22015981):0.07728728);	Первое
	((ROSDO:0.26766795,PARDP:0.24881556):0.23562982,((NEIMA:0.23993989,THIDA:0.24140403):0.07759939,(SHEDO:0.28936931,(HAEIN:0.23818587,(ECOLI:0.07645022,YERPE:0.09084636):0.06242636):0.07728728):0.22015981):0.23562982);	Переукорененнное

Список USA белков

Белки в фасте

Третий практикум

Первое задание

Второе заддание

Третье задание

Дерево получилось такое же, но bootstrap-поддержка чуть выше

((HAEIN:0.123474,(((THIDA:0.084113,NEIMA:0.107789)99:0.057873,(ROSDO:0.095581,PARDP:0.039499)100:0.167808)100:0.046102,SHEDO:0.085291)93:0.020856)95:0.035426,ECOLI:0.055434,YERPE:0.04894);