Трансмембранные белки
Сравнение предсказаний трансмембранных участков в бета-листовом белке
Данные о белке
| Название | Voltage-dependent anion-selective channel protein 1 |
| Электрозависимый анионный канал 1 | |
| Идентификатор Uniprot | VDAC1_MOUSE (Isoform Mt-VDAC1) |
| Идентификатор PDB | 4C69 |
| Организм | Mus musculus |
| Мембрана | Внешняя мембрана митохондрии |
| Функция | Транспорт анионов через мембрану. Участвует в регуляции апоптоза |
Трансмембранные участки
| В базе OPM | Предсказанные DeepTMHMM |
| 26-34 | |
| 38-47 | 41-47 |
| 55-64 | 55-62 |
| 69-76 | 69-75 |
| 80-88 | 81-87 |
| 94-103 | 96-104 |
| 111-120 | 112-118 |
| 122-131 | 124-131 |
| 137-146 | 136-144 |
| 149-156 | 150-157 |
| 166-174 | 166-173 |
| 178-185 | 180-184 |
| 190-197 | 190-195 |
| 202-210 | 205-209 |
| 218-226 | 218-224 |
| 231-238 | 232-237 |
| 242-250 | 243-249 |
| 255-263 | 257-262 |
| 274-282 | 274-281 |
Первый участок бета-листа не был найден, но в остальном предсказания довольно близки - отличия в предсказаниях находятся по краям участков.
На нижнем рисунке соответствующими цветами показана вероятность того, что определенная аминокислота относится к типу участка в белке. На верхнем изображена предполагаемая при этих вероятностях топология белка.
Файл с предсказаниями участков DeepTMHMM
Сравнение предсказаний трансмембранных участков в альфа-спиральном белке
| Название | UPF0761 membrane protein xcc-b100_3490 |
| Идентификатор Uniprot | Y3490_XANCB |
| Организм | Xanthomonas campestris pv. campestris (strain B100)(Грамм "-" бактерия) |
| Мембрана | Внутренняя мембрана клетки |
| Функция | Uniprot не знает |
| PPM | DeepTMHMM |
| 35-62 | 43-65 |
| 101-128 | 105-124 |
| 143-174 | 144-168 |
| 179-206 | 185-206 |
| 216-238 | 217-238 |
| 251-275 | 251-271 |
DeepTMHMM запускался для внутренней мембраны граммотрицательных бактерий, Topology - in. AlphaFold и DeepTMHMM нашли одинаковое число трансмембранных участков, и их координаты довольно близки.
