Базы данных KEGG и GO

Для анализа мне был дан список ID белков. В нем 61 белок - "на глаз" понять, чем они объедининены, сложно. Для этого я использовала базу данных Reactom.

Видно, что белки в основном участвуют в метаболизме липидов и окислении. Особенно много их в метаболизме арахидоновой кислоты. Также они нашлись среди путей ответа на лекарства (арахидоновая кислота является предшественником многоих молекул, участвующих в воспалительных процесссах - простогландинов, эйкозаноидов лейкотриенов и др) и ответе на стресс(наиболее значительно - на окислительный стерсс - поскольку белки участвуют в окислениях). Вторые две находки не очень интересны, но они подтверждают адекватность первых двух.

Программа Enrich представляет результаты в виде столбчатых диаграмм. По ним видно, что обогащен метаболизм липидов, особенно арахидоновой кислоты, на некоторых из диаграмм обогащен и метаболизм её производных. Результаты, полученные по разным базам данных близки, поэтому им можно верить - можно сузить группу "Окислительные процессы" до метаболизма арахидоновой кислоты.

Рис 11 Схема метаболизма арахидоновой кислоты

Далее я использовала базу данных String. На диаграмме coocurence видно, что на уровне Хордовых гены уже довольно часто встречаются вместе довольно часто - поэтому можно предполагать, что метаболизм арахидоновой кислоты окончательно сформировалсяя примерно на этом этапе. На уровне Настоящих зверей(Eutheria) coocurence значительно возрастает - возможно, это связано с активным развитием иммунной системы у млекопитающих - производные арахидоновой кислоты работают в иммунной системе.

Рис 12 Диаграмма coocurence

Выводы