Паттерны и профили
Создание паттернов аминокислотных последовательностей
Для рассмотрения были взяты со 133 по 154 а.о. в выравнивании
| Характеристика паттерна | Паттерн | В скольких последовательностях банка Swiss-Prot найден мотив, удовлетворяющий паттерну? | Все ли последовательности из Вашего выравнивания найдены? | Комментарии |
| Фрагмент последовательности | E-V-K-Q-A-E-E-D-G-A-D-Y-V-G-L-G-P-I-Y-P-T | 1 | Найдена только моя последовательность, из которой и извлечен данный фрагмент | |
| Сильный | [EQ]-[ALYV]-[EKQLRNA]-[AETKQR]-[ANS]-[QKELIPD]-x(0,1)- -[SRLAE]-[SQGADT]-[GDVSCLHY]-[AIV]-D-Y-[LFIV]-G- -[IVLM]-G-P-[IVF]-[YFN]-[PDA]-T |
26 | Да | Все найденные белки имеют ту же функцию, что и исходный (Thiamine-phosphate pyrophosphorylase). Большинство из них - принадлежат разным штаммам вида Staphylococcus aureus (1 белок - из Staphylococcus carnosus), 4 - Streptococcus agalactiae, остальные виды встречаются единично (большинство из них - сравниваемые белки). Возможно, это говорит о консервативности этого белка в стафиллококе, а возможно, просто о большом числе его исследованных штаммов. |
| Слабый | [EQ]-[AILFVY]-x(2)-[ASNC]-x(4,5)-[AVIL]-D- -Y-[AILFVY]-G-[IVLM]-G-P-[AILFVY]-[YFNQ]-[PDA]-T |
59 | Да | Все найденные белки имеют ту же функцию, что и исходный (Thiamine-phosphate pyrophosphorylase). Появляются штаммы некоторых видов, не присутствующих в исходном наборе. Даже для этого слабого варианта мат. ожидание порядка 10^-6, т.е. он будет найден только в белках, действительно гомологичных исходным белкам. |
Все описанные в PROSITE мотивы в заданном белке THIE_BACSU
| Идентификатор документа PROSITE (AC) | Название мотива | Краткое описание мотива | Тип подписи (паттерн, профиль) | Паттерн (регулярное выражение) | Специфична ли подпись? | Сколько мотивов нашлось в белке? |
| PS00001 | ASN_GLYCOSYLATION | Сайт N-гликозилирования | паттерн | N-{P}-[ST]-{P} | неспецифична | 1 |
| PS00004 | CAMP_PHOSPHO_SITE | Сайт фосфорилирования цАМФ- и цГМФ-зависимой протеин киназы | паттерн | [RK](2)-x-[ST] | неспецифична | 1 |
| PS00005 | PKC_PHOSPHO_SITE | Сайт фосфорилирования протеин киназы C | паттерн | [ST]-x-[RK] | неспецифична | 3 |
| PS00006 | CK2_PHOSPHO_SITE | Сайт фосфорилирования казеин киназы II | паттерн | [ST]-x(2)-[DE] | неспецифична | 5 |
| PS00007 | TYR_PHOSPHO_SITE | Сайт фосфорилирования тирозин киназы | паттерн | [RK]-x(2)-[DE]-x(3)-Y или [RK]-x(3)-[DE]-x(2)-Y | неспецифична | 1 |
| PS00008 | MYRISTYL | Сайт N-миристоилирования | паттерн | G-{EDRKHPFYW}-x(2)-[STAGCN]-{P} | неспецифична | 3 |
Возможно, т.к. данный белок сам является фосфорилирующим белком, он активируется другим фосфорилирующим белком. Поэтому, на белке действительно может существовать сайт фосфорилирования (хотя все эти паттерны встречаются часто). С другой стороны, возможно случайное попадание этих паттерн: CAMP_PHOSPHO_SITE поглощает PKC_PHOSPHO_SITE и вообще, все сайты фосфорилирования связаны с рядом стоящими [ST], [DE] и [RK], поэтому даже если один сайт настоящий, он может породить несколько ложных.