Pfam, InterPro
Описание доменной структуры
Т. к. мой белок THIE_BACSU содержит всего один домен, то был взят другой белок, содержащий 2 домена, один из которых - TMP-TENI, тот же, что присутствует и в моем белке.Cхема из Pfam: |
||||||
| Пояснения к схеме |
||||||
| № | Pfam AC | Pfam ID | Полное название семейства доменов | Положение в последовательности белка THI4_SCHPO | Клан | Число видов с данным доменом |
| 1 | PF02581 | TMP-TENI | Семейство доменов Thiamine monophosphate synthase/TENI названо по классу белков тиамин-монофосфат-синтетаз (EC:2.5.1.3), которые содержат этот домен и катализируют реакцию замещения пирофосфата 2-метил-4-амино-5-гидроксиметилпиримидин фосфата 4-метил-5-тиазолем для высвобождения тимаин фосфата. Также этот домен есть в регуляторном белке TENI | 9-202 (выравнивается весь домен) | Клан TIM_barrel (CL0036), содержит 54 семейства, у пяти неизвестна функция (PFAM ID начинается с DUF). Белки из этого клана содержат домены с сайтом связывания фосфата и уложены в TIM-бочки | 759 |
| 2 | PF02110 | HK | Семейство доменов Hydroxyethylthiazole kinase family названо по белкам гидрокси-этил-тиазоль киназам, участвующим в процессе синтеза тиазоль-фосфата из тиазоля | 246-500 (выравнивается весь домен) | Клан Ribokinase (CL0118), содержит 5 семейств. Все белки из этого клана - фосфотрансферазы, использующие спиртовую группу (-OH) в качестве акцептора (EC:2.7.1.-) | 316 |
|
Таксон
|
Количество белков с доменом PF02110
|
|
| Эукариоты | Зеленые растения | |
| Грибы | ||
| Животные | ||
| Остальные эукариоты | ||
| Бактерии | ||
| Археи | ||
| № | PFAM ID | Bacillus subtilis |
| 1 | PF02581 | 2 |
| 2 | PF02110 | 1 |
Доменные перестройки
Домен PF02581 (TMP-TENI) может быть в самых различных комбинациях - один, со множеством других доменов, с N- и с C-концов, несколько в одной последовательности
Домен PF02110 (HK) имеет несколько меньшее разнообразие в расположении в последовательности. Также, ему свойственно существование вместе с TMP-TENI доменом (в 5 из 7 известных структур)
Выравнивание затравки для TMP-TENI
Описания мотивов в разных БД
Самый короткий мотив - HYETHTZKNASE, представляет собой fingerprint, состоящий из 6 фрагментов. Эти 6 фрагментов частично покрывают структурный мотив домена HK. По видимому этот мотив - этакое правило-минимум, для нахождения всех возможных белков данной функции. Описан в БД PRINTS. Самый длинный мотив - G3DSA:3.40.1190.20, для того же HK. Описан в БД CATH. Для распознавания, судя по всему, используются кластеры.