MEME

Найденные мотивы

№	Везде ли присутствует?	P-value для THIE_BACSU	Координаты в THIE_BACSU	Размер, а.о.	Информационная энтропия, бит
1	Да	3,95*10-43	53-102	50	140,9
2	Да	3,76*10-28	132-164	33	90,3
3	Да	2,80*10-36	168-204	37	101,3

Выравнивания белков программой muscle с выделенными мотивами.
Все три мотива выравнены. В первом имеется некоторое число гэпов, поэтому есть небольшое несоответствие выравнивания и мтоива на концах мотива. Во втором мотиве в выравнивании гэп всего один, в третьем мотиве гэпов нет совсем.

Исследование белка THI4_SCHPO программой MAST

Результат
Первый мотив содержится почти во всех белках - 81 из 89. Второй также почти везде присутствует - в 78 из 89 (один из белков содержит два таких мотива). Третий же - редкость, присутствует лишь в 3 белках. В одном он располагается на том месте, где обычно находится второй мотив, в другом - сразу после второго мотива. А в третьем он и вовсе находится в начале белка, там, где обычно мотивы не встречались в этой выборке.
Все три мотива есть только в самом белке THI4_SCHPO.
Выравнивание для затравки из Pfam вообще несет отдаленное сходство с выравниванием и больше напоминает подгон. В сравнении с результатом из MAST - судя по всему домен HK распознается как два мотива. Впрочем, соответствие выравнивания мотивам прослеживается (показано в файле с выравниванием для первого и второго доменов для трех белков различной степени родства)