Работа с SRS

Знакомство с базами MRS, SRS, UniProt.

MRS
Из всех трех, наиболее краткую информацию предоставляет MRS, поле Features представляет собой описание содержимого и элементов вторичной структуры, при наведении на элемент в поле с последовательностью ниже происходит выделение соответствующей области последовательности белка, что, несомненно, удобно, но вообще, дизайн на мой вкус не очень удобочитаем. Последовательность белка доступна только в fasta-формате

SRS
По сравнению с предыдущей более удобный дизайн. Не позволяет копировать запрос из строки адреса, чтобы в дальнейшем можно было иметь прямую ссылку на данный белок. Последовательность доступна во многих форматах. Уделено внимание статьям о данном белке. Поле Features содержит также описание содержимого и элементов вторичной структуры, с графическим изображением их взаимного расположения.

- UniProt
Содержит наибольшее число перекрестных ссылок с другой информацией практически обо всем, что упоминается при описании белка, а также, с различными программами, например для работы с последовательностью. Последняя представлена в форматах, имеющихся на сервере (у меня - только Fasta). Поле Features полностью аналогично полю в SRS.

Вопросы по полю Taxonomy:

1. Названия каких таксонов начинаются на "gam"?
   gambusia, gammacoronavirus, gammaherpesvirinae, gammalipothrixvirus, gammapapillomavirus, gammaproteobacteria, gammaretrovirus, gammaridea
2. Каков английский эквивалент таксона "гамма-протеобактерии"?
   gammaproteobacteria
3. Сколько в банке SwissProt записей, описывающих белки из гамма-протеобактерий?
   120605 записей

Белки гамма-протеобактерии, выполняющие функцию, сходную с функцией моего белка

Формулировка функции белка	Строка запроса	Количество найденных документов
Condenses THZ-P and HMP-PP to form TMP	((((((((([swissprot-Comment:Condenses*] & [swissprot-Comment:THZ-P*]) & [swissprot-Comment:and*]) & [swissprot-Comment:HMP-PP*]) & [swissprot-Comment:to*]) & [swissprot-Comment:form*]) & [swissprot-Comment:TMP*]) | [swissprot-Comment:Condenses THZ-P and HMP-PP to form TMP*] ) > parent ) & [swissprot-Taxonomy:gammaproteobacteria*])	89
Condenses 2-methyl-4-amino-5-hydroxymethyl pyrimidine pyrophosphate, Condenses THZ-P, Form thiamine monophosphate	((([swissprot-Taxonomy:gammaproteobacteria*] & ((((([swissprot-Comment:Condenses*] & [swissprot-Comment:2-methyl-4-amino-5-hydroxymethyl*]) & [swissprot-Comment:pyrimidine*]) & [swissprot-Comment:pyrophosphate*]) | [swissprot-Comment:Condenses 2-methyl-4-amino-5-hydroxymeth yl pyrimidine pyrophosphate*]) > parent )) & ((([swissprot-Comment:Condenses*] & [swissprot-Comment:THZ-P*]) | [swissprot-Comment:Condenses THZ-P*]) > parent )) & (((([swissprot-Comment:Form*] & [swissprot-Comment:thiamine*]) & [swissprot-Comment:monophosphate*]) | [swissprot-Comment:Form thiamine monophosphate*]) > parent ))	89
Condenses HMP-PP, Condenses THZ-P, Form thiamine monophosphate	((([swissprot-Taxonomy:gammaproteobacteria*] & ((([swissprot-Comment:Condenses*] & [swissprot-Comment:HMP-PP*]) | [swissprot-Comment:Condenses HMP-PP*]) > parent )) & ((([swissprot-Comment:Condenses*] & [swissprot-Comment:THZ-P*]) | [swissprot-Comment:Condenses THZ-P*]) > parent )) & (((([swissprot-Comment:Form*] & [swissprot-Comment:thiamine*]) & [swissprot-Comment:monophosphate*]) | [swissprot-Comment:Form thiamine monophosphate*]) > parent ))	89

Один из запросов (первый) в формате FASTA

Работа с MEDLINE

Cтатьи последних двух-трёх лет, в аннотациях которых упоминается мой белок, отсутствуют. Вообще нет статей с упоминанием о моем белке в тексте. Запросы:

Year: 2007:
Abstract: THIE_BACSU

Year: 2007:
Abstract: P39594

Year: 2007:
AllText: THIE_BACSU

Year: 2007:
AllText: P39594

Деятельность Нейфаха в 70-е годы:

В 70-е годы этот ученый исследовал физико-химические свойства белков и опубликовал 11 статей:

([medline-Year#1970:1979] & [medline-AllText:Ne*fah*])
11 результатов
([medline-PubDate#19700000:19799999] & [medline-Authors:Ne*fah*])
11 результатов