Занятие 13

Подготовка файлов

RED p2n файл, мономер с заглушкой для расчета зарядов, gro-файл для МД, файл топологии.

Расчеты

Скрипт


Изменение свободной энергии


Свободная энергия

Экспериментальная энергия 4.8 кДж/моль достигается при λ ~= 0.19 или 0.85.
Таким образом, параметры, как я понимаю должны равняться:
p = λ * p(диметоксиэтана) + (1 - λ) * p(диметоксиэтана сольватированого).