Главная страница Обучение Обо мне Ссылки

Архея Pyrobaculum oguniense TE7

Информация о Pyrobaculum oguniense TE7

  • Систематическое положение Pyrobaculum oguniense TE7:
    • домен Archaea
    • тип Crenarchaeota
    • класс Thermoprotei
    • порядок Thermoproteales
    • семейство Thermoproteaceae
    • род Pyrobaculum
    • вид Pyrobaculum oguniense
    • штамм Pyrobaculum oguniense TE7
  • Pyrobaculum oguniense TE7 - это термофильные гетеротрофные археи, которые были обнаружены в некоторых горячих источниках Японии. Оптимальными условиями для жизнедеятельности и роста архей является температура 90-94°С и pH 7.0-7.5. Эти организмы могут обитать как в анаэробных, так и в аэробных условиях.[1]
  • Клетки Pyrobaculum oguniense палочковидные с почти прямоугольными концами. Размеры примерно 1,5-8 мкм * 0,5-0,6 мкм. В аэробных условиях рост клеток стимулируется тиосульфатами и подавляется простой серой. В анаэробных условиях рост ингибируется нитратами и нитритами.[1][2]
  • Данные из банка RefSec:
    • Идентификаторы: NC_016885 (хромосомный геном), NC_016886 (внехромосомный элемент)
    • Хромосома представлена кольцевой ДНК, содержащей 2436033 bp
    • Внехромосомный геномный элемент представлен кольцевой ДНК, содержащей 16887 bp
    • Общая длина последовательности полного генома - 2.45292 МБ (мегабаз)

Окружение гена антранилат-фосфорибозилтрансферазы Pyrobaculum oguniense TE7

Взаиморасположение данного гена (локус Pogu_0777) и его соседей показано на рисунке 1.
Ген Pogu_0777: см. Белок
Ген Pogu_0776 (компонент 1 антранилат/пара-аминобензоат-синтазы):

  • Длина гена 1269 bp
  • Направление гена -1 (обратная цепь)
  • Перекрывается с геном Pogu_0777, участок перекрытия - 3 нуклеотида
  • Рамка считывания +2 относительно белка YP_005259411.1
  • Кодируемый этим геном белок состоит из 422 аминокислотных остатков

Ген Pogu_0778 (пиридоксифосфат-зависимый trpB-like белок) :

  • Длина гена 1230 bp
  • Направление гена -1 (обратная цепь)
  • Расстояние между этим геном и геном Pogu_0777 41 bp
  • Рамка считывания +1 относительно белка YP_005259411.1
  • Кодируемый этим геном белок состоит из 409 аминокислотных остатков
Рисунок 1. Окружение гена антранилат-рибозилтрансферазы в организме Pyrobaculum oguniense TE7. Координаты участка 655225..660940. Красным обозначены белки. Гены, окружающие ген антранилат-фосфорибозилтрансферазы(Pogu_0777), обозначены как Pogu_0776 и Pogu_0778. Рисунок получен с помощью геномного браузера сайта NCBI[3].

Ближайший ген на комплементарной (прямой) цепи со стороны 5'-конца находится на расстоянии 3 генов, со стороны 3'-конца - на расстоянии 2 генов.
Скорее всего, все три гена входят в триптофановый оперон: они кодируются в одном направлении, а также связаны функционально (судя по названиям, Pogu_0776 и Pogu_0777 имеют отношение к синтезу антранилата и его превращениям, а Pogu_0778 напрямую назван TrpB-like белком.



На страницу первого семестра

Ссылки:
[1] - Статья на сайте PubMed
[2] - Статья в Википедии (англ.)
[3] - NCBI

© Alexandra Boyko, 2014. Faculty of Bioengineering and Bioinformatics, MSU.