Внутренности белков

Jmol output:

Гидрофобное ядро белка

Данный белок имеет одно крупное гидрофобное ядро, состоящее из 1407 атомов. Остальные маленькие гидрофобные ядра состоят из 4 и менее атомов и потому не учитывались. Всего в белке 5288 атомов, таким образом, гидрофобное ядро составляет примерно 26,6% от общего количество атомов. Вывод о наличии гидрофобного ядра, а также подсчет количества атомов, входящих в него, был сделан с помощью сервиса CluD. Гидрофобные части белка более-менее равномерно и симметрично (так как белок состоит из двух одинаковых субъединиц) выходит на поверхность белка.

Плотность упаковки атомов в белке

Был выбран тирозин в одной из субъединиц белка. По изображениям в Jmol видно, что атомы, практически полностью закрывающие этот аминокислотный остаток со всех сторон, расположены в 6-7 ангстремах от тирозина и ближе. Большинство атомов появляется на расстоянии 5-6 Å от аминокислотного остатка. Это можно считать характерным расстоянием между атомами в данном белке. Получается довольно плотная упаковка. Вода вряд ли влезет между атомами, так как ее диаметр чуть больше 2,8 Å, а диаметры атомов белка примерно 3 Å, То есть если за расстояние между центрами соседних атомов взять 5 Å, свободное пространство будет лишь 2 Å. Таким образом, даже молекула воды не помещается (плюс она еще не попала бы туда в связи с гидрофобностью внутренней части белка).

Комплекс белка с ДНК

По изображениям комплекса белка с ДНк в Jmol видно, что эти молекулы могут весьма тесно контактировать друг с другом. Белки, связывающиеся с ДНК, регулируют работу ДНК. Это могут быть гистоны, а также белки, участвующие в процессах транскрипции, репликации и т.д. Например, белок, использованный в данном практикуме - ДНК-полимераза, встречающаяся у бактерий.

На страницу второго семестра