Базы последовательностей белков

В различных базах данных записи об антранилат-фосфорибозилтрансферазе имеют разные идентификаторы. В таблице № 1 представлены идентификаторы в некоторых базах данных. Данные получены по идентификатору белка в Refseq Protein с помощью сервиса Uniprot Retrieve/ID mapping.

Таблица №1. Идентификаторы антранилат-фосфорибозилтрансферазы в разных базах данных

База данных	Идентификатор
UniprotKB	H6Q874_PYROT, H6Q874 (AC)
UniRef50	UniRef50_A3MVG6
Refseq Proteins	YP_005259411.1, WP_014346336.1
PDB	--

Сравнение первого и последнего вариантов записи о данном белке
Первая запись была создана 18-APR-2012, последняя (двадцатая) - 04-MAR-2015.

1. Изменен идентификатор: новый отображает название организма, из которого был выделен этот белок.

2. Изменены 4 строки в начале записи: в последней версии добавлены названия штамма той археи, в которой присутствует антранилат-фосфорибозилтрансфераза, название белка с ссылками на достоверные источники информации {ECO:0000256|HAMAP-Rule:MF_00211}, а также ссылки на источники информации о локусе данного белка Pogu_0777 ({ECO:0000313|EMBL:AFA38804.1}).

4. Добавлено 18 строк, в которых описана функция белка, реакция и путь биосинтеза, в которых он участвует, кофактор, а также указано семейство, к которому относится антранилат-фосфорибозилтрансфераза.

5. Добавлены идентификаторы записей об антранилат-фосфорибозилтрансферазе в различных базах данных (RefSeq, GeneID, Pfam, Biocyc, InterPro и других).

6. Изменено обоснование существования этого белка: ранее оно было предсказано, в последней же версии указано, что белок выведен по гомологам.

7. Самая крупная добавленная часть (30 строк) - описание ключевых мест белка. Все подтверждено ссылками на записи из достоверных источников (баз данных ECO и HAMAP). Кроме того, описан вид биосинтеза, в котором белок участвует.

Сравнение записи Uniprot антранилат-фосфорибозилтрансферазы с записями гомологичных белков

Для сравнения взяты белки из организмов Pyrobaculum aerophilum, Pyrobaculum islandicum, Pyrobaculum calidifontis, Pyrobaculum oguniense, а также Sulfolobus solfataricus. Археи рода Pyrobaculum близки друг другу и потому их белки имеют схожие характеристики: они приблизительно одной длины и массы, выполняют одинаковые функции, участвуют в биосинтезе L-триптофана в реакции, одинаковой для всех организмов. Белок, взятый у Sulfolobus solfataricus почти не отличается по функциям и биологическим характеристикам от остальных, однако имеет свой идентификатор в базе PDB. Вероятно, поэтому в столбце о свойствах белка(Features) для антранилат-фосфорибозилтрансферазы Sulfolobus solfataricus предоставлено больше информации. Для него указано количество бета-тяжей и альфа-спиралей и др. Данные можно увидеть в таблице, составленной с помощью Uniprot.

Интересные явления в последовательностях белков

В записи Uniprot могут быть представлены такие явления, как альтернативный сплайсинг, посттрансляционные модификации, а также такие места в последовательности белка, как сайты связывания с ДНК, с ионами, места, подвергшиеся мутагенезу и многие другие особенности белков. На изображении ниже видно, как в записи Uniprot указана редкая аминокислота - селеноцистеин, а так же места связывания с неорганическим кофактором. Для примера взят белок формиатдегидрогеназа (альфа-субъединица) из Haemophilus influenzae Rd.

На страницу второго семестра