Для выполнения практикума из всех предложенных бактерий (чьи мнемонические названия приведены в дереве на рис. 1) были выбраны 8 видов. Их названия и мнемонические сокращения приведены в Таблице 1.
Рис. 1. Исходное филогенетическое дерево в прямоугольной форме для всех предлагаемых бактерий.
Таблица 1. Выбранные виды бактерий и их мнемонические названия.
Название
Мнемоника
Rhizobium etli
RHIEC
Rhodobacter sphaeroides
RHOS4
Neisseria meningitidis
NEIMA
Pseudomonas aeruginosa
PSEAE
Erwinia tasmaniensis
ERWT9
Yersinia pestis
YERPE
Vibrio fischeri
VIBFM
Proteus mirabilis
PROMH
Для восьми выбраннных видов было построено филогенетическое дерево на основе исходного. Скобочная формула этого нового дерева: ((RHIEC,RHOS4),((PSEAE,(((YERPE,ERWT9),PROMH),VIBFM)),NEIMA));.
По файлу со скобочной формулой был построен графический вид дерева (в прямоугольной форме) с помощью ресурса Phylodendron (ссылка на ресурс). Результат приведен на рис. 2.
Рис. 2. Филогенетическое дерево для 8 видов бактерий, приведенных в таблице 1.
Из приведенной таблицы видно, что некоторые нетривиальные ветви (см. выше) отражают таксономическое разделение 8 бактериальных видов.
Так, ветвь {RHIEC, RHOS4} (1-ое разбиение) объединяет в себе 2 вида из класса альфа-протеобактерий (Alphaproteobacteria), {PROMH, YERPE, ERWT9, VIBFM, PSEAE} (2-ое разбиение) - 5 видов из класса Gammaproteobacteria,
а ветвь {PROMH, YERPE, ERWT9} (4-ое разбиение) содержит представителей порядка Enterobacteriales из семейства Enterobacteriaceae.
