В окне слева представлены функциональная область DUF1767-OB белка TDRD3 (PDB код 5GVD). Данный белок участвует в
контроле генной экспрессии, помогая Топоизомеразе 3β находить ее сайты связывания. Во взаимодействиях, помимо
белка, участвуют лиганды (Mg2+,PO43- и 1,2-Этандиол) Для запуска интерактивного
режима нажать "Start script", а затем "Resume".
На изображении справа представлены два антипараллельных участка β-слоя. В связи с пространственным положением,
вращение двух соседних аминокислот относительно связи C-N затруднено. В связи с этим возникают подобные структуры,
в которых 2 аминокислоты образуют 2 водородные связи N-O друг с другом.
На изображении слева представлена аминокислота глутамин, у которой карбонильный кислород остова способен образовывать
2 водородных связи одновременно.
Таблица с данными о водородных связях
| Параметры водородных связей между остовными атомами во вторичной структуре |
| Номер |
Имена атомов |
Длина связи (Å) |
Угол N-O-C (°) |
| α-спирали |
| 1 |
N(12:A ALA)-O(8:A ALA) |
3.18 |
150.9 |
| 2 |
N(11:A GLN)-O(7:A ALA) |
2.98 |
152.3 |
| 3 |
N(10:A SER)-O(6:A GLY) |
3.08 |
152.8 |
| 4 |
N(9:A LEU)-O(5:A ALA) |
2.96 |
158.0 |
| 5 |
N(8:A ALA)-O(4:A VAL) |
3.0 |
148.6 |
| β-слои |
| 1 |
N(72:A GLN)-O(100:A THR) |
2.92 |
162.1 |
| 2 |
N(100:A THR)-O(72:A GLN) |
2.95 |
153.4 |
| 3 |
N(74:A GLN)-O(98:A GLN) |
2.65 |
148.7 |
| 4 |
N(75:A LYS)-O(98:A GLN) |
3.4 |
135.6 |
| 5 |
N(98:A GLN)-O(75:A LYS) |
2.92 |
160.6 |
Из представленных данных видно, что величины углов (N-O-C) отличаются от "идеального"
примерно на 30°, а длина связи обычно лежит в рамках трех ангстрем. Однако существует
выброс - связь между азотом 75 лизина и кислородом 98 глутамина. Видимо, это связано
с тем, что 98 глутамин уже образует одну связь с кислородом 74 глутамина по той же группе.
В данном случае, градусная мера угла отличается от идеального на 44.4°, а длина связи равна 3.4 ангстрем,
что лежит на грани предлагаемых в литературе длин.
Литература
[1]Скрышевский А.Ф., Структурный анализ жидкостей и аморфных тел. Учебю пособие для студентов вузов,
2-e изд., перераб. и доп. -М.:Высш. школа, 1980. -328 с., ил.
[2]Павлов Н.Н., Неорганическая химия: Учеб. для технол. спец. вузов. -М.:Высш. школа, 1980. -328 с., ил.