Задание 1
Программа RNA fold, основанная на алгоритме Зукера, выдала результаты почти совпадающие с действительностью, за исключением акцепторной шпильки,
отличающейся от реальной на одну пару нуклеотидов. Программа einverted выдала только акцепторную шпильку,
причём такую же как RNA fold.
Таблица 1. Сравнение выдачей программ einverted и RNA fold
|
Участок структуры |
find_pairs |
Einverted |
ViennaRNA |
|
Акцепторный стебель |
G2-A7 U65-C70 |
U1-A7 U65-A71 |
U1-A7 U65-A71 |
|
D-стебель |
G10-C12 G22-C24 |
- |
G10-C12 G22-C24 |
|
T-стебель |
C48-G52 C60-G64 |
- |
C48-G52 C60-G64 |
|
Антикодоновый стебель |
С26-A30 U38-G42 |
- |
С26-A30 U38-G42 |
|
Общее число каноничских пар |
19 |
7? |
20 |
выданная программой RNA fold
Задание 2
Заданный для анализа комплекс ДНК-белок - 1p47. Имеется
скрипт в JMol для определения множества атомов set1 (кислород 2'-дезоксирибозы), set2 (кислород в остатке фосфорной кислоты) и set3 (азот в азотистых основаниях), а также последовательного изображения ДНК c выделенными множествами атомов.
Для выполнения следующего упражнения использовался пользовательский скрипт PyMol. Данная мне структура представляла собой двухцепочечную ДНК, связанную с белком. В качестве ДНК связывающего мотива у белка присутствуют цинковые пальцы. Примечательно, что почти все взаимодействия по азотистым основаниям проходят по большой бороздке.
Таблица 2. Качественный и количественный анализ ДНК-белковых взаимодействий.
|
Контакты атомов белка |
Полярные |
Неполярные |
Всего |
|
остатки 2'-дезоксирибозы |
2 |
34 |
36 |
|
остатки фосфорной кислоты |
19 |
21 |
40 |
|
Остатки АО большая бороздка |
25 |
83 |
108 |
|
Остатки АО малая бороздка |
0 |
1 |
1 |
Задание 3
Пользуясь программой nucplot на сервере кодомо была получена визуализация контактов ДНК с остатками аминокислот белка на трёх страницах, представленых ниже.
Задание 4
Остатками с наибольшим количеством связей с ДНК являются Arg124, Arg146, Arg180. Визуализация контактов с ДНК представлена на рисунках ниже.
Конкретно с азотистыми основаниями имеют связи остатки: Arg180;Arg174;Lys183;His149;Arg146;Arg124;Asp176;Arg118;Asp120;Asp148. Выделить из них какое-то одно конкретное наиболее важное основание представляется довольно сложной и неочевидной задачей. Могу лишь предположить, что это один из упомянутых выше Аргининов+Arg118+His149, в связи с тем что остатки распознают последовательность из расположенных близко пяти гуанинов (пять из шести идущих подряд нуклеотидов гуанины, вероятность такого события близится к одной десятитысичной, что уже может свидетельствовать о какой-то минимальной специфичности связывания).