Эволюционные домены белков. Банк Pfam

Oписание семейства доменов из Pfam

Таблица 1

Информация
AC PF0783
ID DmpG_comm
All 7k
SW 172
Architectures 12
3D 5
Taxonomy 6k
Eukaryota -
Archaea 12
Bacteria 7175

Этот домен расположен ближе к С-концу различных ферментов-альдолаз(лиазы). Считается, что коммуникационный домен играет важную роль в гетеродимеризации фермента. Он состоит из пяти альфа-спиралей, четыре из которых образуют антипараллельеный спиральный пучок(helix bundle). Пятый же связывается с DmpF. Вместе они образуют бифункциональный фермент DmpFG[1].

Рис.1 helix bundle
закрывает С-конец N-концевого домена TIM
TIM(1-253)
Рис.2 DmpG + DmpF

Карта локадьного сходства

Таблица 2

Информация
Доменная архитектура 1 PF00682 - PF00682 - PF07836
Белок с доменной архитектурой 1 I0LAH9
Доменная архитектура 2 PF00682 - PF07836 - PF00550
Белок с доменной архитектурой 2 E4NAF8

Рис.3 Карта локального сходства участков белков I0LAH9(ось X) и E4NAF8 (ось Y). Значение E-value составило 7 · 10-72.

Два разрыва соответствуют инделям в выравнивании. Видим совпадения вначале, так как у обеих архитектур первые части совпадают. Есть явный участок делеции из-за PF00682(сохранился у первой) и PF07836(у второй)

Источники

[1]Crystal structure of a bifunctional aldolase-dehydrogenase: sequestering a reactive and volatile intermediate. Manjasetty BA, Powlowski J, Vrielink A. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 100, 6992-7, (2003)