Эволюционные домены белков. Банк Pfam

Oписание семейства доменов из Pfam

Таблица 1

Этот домен расположен ближе к С-концу различных ферментов-альдолаз(лиазы). Считается, что коммуникационный домен играет важную роль в гетеродимеризации фермента. Он состоит из пяти альфа-спиралей, четыре из которых образуют антипараллельеный спиральный пучок(helix bundle). Пятый же связывается с DmpF. Вместе они образуют бифункциональный фермент DmpFG[1].

Рис.1 helix bundle
закрывает С-конец N-концевого домена TIM
TIM(1-253)

Рис.2 DmpG + DmpF

Карта локадьного сходства

Таблица 2

Рис.3 Карта локального сходства участков белков I0LAH9(ось X) и E4NAF8 (ось Y). Значение E-value составило 7 · 10-72.

Два разрыва соответствуют инделям в выравнивании. Видим совпадения вначале, так как у обеих архитектур первые части совпадают. Есть явный участок делеции из-за PF00682(сохранился у первой) и PF07836(у второй)

Источники