| Protein Name | ID1 | ID2 | Score | %Identity | %Similarity | Gaps | Indels |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| D-alanyl-D-alanine carboxypeptidase DacB | DACB_ECOLI | DACB_BACSU | 26.5 | 13.1 | 23.7 | 313 | 25 |
| N-acetylmuramic acid 6-phosphate etherase | MURQ_ECOLI | MURQ_BACSU | 736 | 46.4 | 65.1 | 6 | 2 |
| Chaperone protein HtpG | HTPG_ECOLI | HTPG_BACSU | 1152 | 38.5 | 60.6 | 34 | 13 |
| Nonhomologous proteins | MURQ_ECOLI | DACB_BACSU | 42.5 | 15.9 | 26.2 | 228 | 23 |
| Protein Name | ID1 | ID2 | Score | %Identity | %Similarity | Gaps | Indels | Coverage1% | Coverage2% |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| D-alanyl-D-alanine carboxypeptidase DacB | DACB_ECOLI | DACB_BACSU | 53 | 23.7 | 35.6 | 55 | 11 | 39.0 | 51.6 |
| N-acetylmuramic acid 6-phosphate etherase | MURQ_ECOLI | MURQ_BACSU | 739 | 47.6 | 66.9 | 0 | 0 | 99.3 | 97.4 |
| Chaperone protein HtpG | HTPG_ECOLI | HTPG_BACSU | 1154 | 39.0 | 61.3 | 30 | 12 | 98.6 | 99.2 |
| Nonhomologous proteins | MURQ_ECOLI | DACB_BACSU | 60 | 29 | 41.9 | 28 | 6 | 35.9 | 29.6 |
| Algorithm | ID1 | ID2 | Score | %Identity | %Similarity | Gaps | Indels | Coverage1 | Coverage2 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| needle | DACB_ECOLI | HTPG_ECOLI | 27.0 | 2.9 | 5.0 | 897 | 9 | - | - |
| water | DACB_ECOLI | HTPG_ECOLI | 39.5 | 20.4 | 34.2 | 60 | 9 | 28.1 | 17.63 |
DACB_ECOLI: D-alanyl-D-alanine carboxypeptidase DacB, 477 аминокислот
HTPG_ECOLI: Chaperone protein HtpG, 624 аминокислот
Значения покрытия отличаются, так как мы взяли неродственные белки. Также заметен низкий вес и обилие гэпов. Более высокая степень покрытия белка DACB_ECOLI обусловлена его меньшей длиной. Число инделей маленькое, так как в локальном выравнивании сопоставлялись небольшие фрагменты.
Выбранная мнемоника - htpg. По запросу данной мнемоники нашлось 306 записей в Swiss-Prot. Для множественного выравнивания были выбраны следующие белки: HTPG_ECOLI, HTPG_WIGBR, HTPG_ALBFT, HTPG_BORGP, HTPG_CUPPJ, HTPG_BACSU.
Построение множественного выравнивания проводилось с помощью алгоритма muscle.
Проект на Jalview: pr10seq7.jvp
Все семь белков являются гомологичными, поскольку выравнивание имеет большое количество консервативных участков, таких как 24, 29-36, 38-39, 41-43, 45-46, 71, 81, 83, 85-86, 95-96, 98-99, 101-102, 106, 122-123, 125-130, 133, 141, 156, 158, 160, 203, 206-208, 211, 213-214, 254, 272, 286, 287, 291, 296, 300, 307, 314, 322, 325, 332, 349, 355-356, 358-359, 361-363, 365-366, 380, 386, 432-433, 457, 459, 469-470, 474, 477-478, 482, 487, 489, 500, 508, 513, 520-521, 572, 582, 626, 628, 655, 661. На некоторых участках есть вставки 187-191,219-220, 228-241, 392-420.
,