1. Выбор белка
Моей бактерий ей была Campylobacter cuniculorum. Поиск проводился по запросу: organism_id:1121267 AND existence:3. Взяла PE 3, так как 1 (evidence at protein level) не показал результатов, а при 2 (evidence at transcript level) выпадает лишь один результат, уровень аннотированности которого всего лишь 2 из 5. Далее в фильтрах сбоку выбираю 4 уровень - макисмальный из возможных и получаю 14 результатов. Среди них я выбрала Nitrate reductase.
2. Информация о белке
Название: Nitrate reductase
Перевод названия: Нитратредуктаза
EC: 1.9.6.1
Ген: napA
Функция: Катализирует процесс восстановления нитрата до нитрита. В моем случае фермент является периплазматическим (NAP)
3. Кластеры похожих белков.
общее название: Nitrate reductase. Однако в Uniref50 к названию кластера добавлено Periplasmic. Анализ размеров кластеров UniRef, к которым относится данный белок, позволяет сделать предположение, что данный белок достаточно широко распространен среди организмов, однако его последовательность неконсервативна (огромные размеры кластера UniRef50 и очень маленькие UniRef100 и UniRef90).
4. Поисковые запросы
относительно гена napA: (gene:napA); (gene:napA) AND (taxonomy_id:2); (gene:napA) AND (taxonomy_id:2157)
первые поиски белков базируется на гене, продуктом которого является мой фермент. записией этого гена для различных организмов 7291. у бактерий 6043 (второй запрос), у архей 43. остальные 1205 были найдены по запросу (gene:napA) NOT (taxonomy_id:2157) NOT (taxonomy_id:2) - они относятся к млекопитающим, рыбам итд.
(protein_name:Reductase) AND (taxonomy_id:9606); (protein_name:Reductase) AND (taxonomy_id:6894) - 1739 результат.
запрос направлен на поиск фермента редуктазы у человека и мигаломорфных пауков. Для Homo sapiens 916 результатов, 158 из которых, имеют уровень аннотированности 5. Тоесть можно сказать, что для человека этот белок хорошо изучен. Наличие редуктаз у пауков мне было интересно, потому что у меня живет паук, по имени Свинья. Всего выдалось 312 результатов, каждый из которых пренадлежит автоматическрй базе TrEMBLE.
(protein_name:"Nitrate reductase") AND (taxonomy_id:2) AND (existence:1) - 11 результатов
ищем нитратредуктазы у бактерий, которые существуют на белковом уровне.