Взаимодействия
была проанализирована sequence anotation. На основе этих данных выявлено, что TSAVLQ-|-SGFRK-NH2 и SGVTFQ-|-GKFKK - два пептида, соответствующие двум сайтам саморазрушения SARS 3C-подобной протеиназы, являются двумя наиболее реакционноспособными пептидными субстратами. Фермент проявляет явное предпочтение субстратам, содержащим Gln в положении P1 и Leu в положении P2
Основная протеаза коронавируса является ключевым ферментом в обработке полипротеина репликазы коронавируса.
Относится к семейству пептидаз C30.
В состав каталитического центра входят два остатка - Cys 145 и His 41
Здесь зеленым цветом выделен Cys 145. Входящий в его состав
кислород образует ковалентную полярную с азотом из Asn 28 (на фото
голубым цветом, азот - синий)
His 41 образует ковалентную полярную связь с азотом Cys 44
Чтобы рассмотреть ближайшее окружение каталитического центра была использована команда select nearby_resides, byres (center_ around 5)
Можно сказать, что заметен только стекинг
Ингибиторами моего фермента являются TU8 и DMS
Для TU8
DMS представляет собой группы серосодержащих молекул, которые очень далеко расположены от каталитического центра.
Серосодержащие соединения являются ингибиторам в результате того, что они могут образовывать комплексы с металлами, такими как медь и цинк, которые являются необходимыми для активности фермента. При образовании этих комплексов металлы в цистеине и гистидине становятся недоступными для взаимодействия с другими молекулами, что приводит к ингибированию их активности.
Протеаза SARS-CoV-2 играет важную роль в репликации вируса и расщеплении вспомогательных белков. TU8 является молекулой, которая может связываться с протеазой и блокировать ее активность. Таким образом, TU8 может помешать вирусу размножаться в организме человека и остановить развитие инфекции.