Эволюционные домены. БД Pfam, InterPro.

Задание 1

Доменная структура белка XXXX_BACSU по данным Pfam

Cхема из Pfam:
Пояснения к схеме
№	Pfam AC	Pfam ID	Полное название семейства доменов	Положение в последовательности белка XXXX_BACSU	Клан
1.	PF09182	PuR_N	Семейство доменов названо по названию N-терминального домена бактериального репрессора генов, отвечающих за синтез, транспорт и метаболизм пурина.	4 - 73	Клан HTH содержит 155 семейств, у двадцати из них неизвестна функция (PFAM ID начинается с DUF). (CL0123)
2.	PF00156	Pribosyltran	Семейство доменов названо по названиям входящих в него различных ферментов - фосфорибозилтрансфераз, катализирующих синтез уридин-5'-монофосфата (УМФ) из уридина и аденозин-5'-трифосфата (АТФ) или из урацила и фосфорибозил-α-1-пирофосфата (ФРПФ).	106 - 233	информация не представлена

Задание 2

Во сколько разных архитектур входит домен PuR_N?
в 2 архитектуры
Для какого числа белков, содержащих домен PuR_N, известна последовательность?
для 452 белков
Для какого числа разных белков, содержащих домен PuR_N, определена пространственная структура (домена или всего белка)?
для двух белков: 1o57 и 1p4a

Выравнивание фрагментов белков, соответствующих домену PuR_N.


Выравнивание в формате msf
(*)Консервативные позиции в выравнивании обозначены "Х" в самой верхней строке. Мне кажется, стоит обратить внимание на следующие участки выравнивания:
2 - 6 колонки: длина участка 5, содержит 3 консервативных позиции, нет гэпов;
33 - 45 колонки: длина участка 13, содержит 7 консервативных позиций, нет гэпов, еще 5 позиций консервативны на 80%, что тоже, несомненно, говорит в пользу консервативности участка;
61 - 70 колонки: длина участка 10, содержит 3(~30%) консервативных позиций, плюс еще 5 консервативных на 80% позиций , итого - 8 из 10 (ок.80%) в пользу консервативности участка.
На мой взгляд, данное выравнивание достаточно достоверно и подтверждает гомологичность доменов.

Задание 3

Представленность домена PF09182 в организмах разных видов

Таксон		Количество белков с доменом PF09182.
Эукариоты	Зеленые растения	не встречается
	Грибы	не встречается
	Животные	не встречается
	Остальные эукариоты	не встречается
Археи		не встречается
Бактерии		452
Вирусы		не встречается

Представленность домена PF00156 в организмах разных видов

Таксон		Количество белков с доменом PF00156.
Эукариоты	Зеленые растения (состоит из Chlorophyta (Зелёные водоросли) и Streptophyta (Высшие растения)).	275
	Грибы (а именно у аско- и базидиомицет)	643
	Животные (а именно у нематод, хордовых, членистоногих, кишечнополостных.)	382
	Остальные эукариоты (протисты)	228
Археи		666
Бактерии		16649
Вирусы		не встречается

Из представленных данных можно сделать вывод, что домен PF00156 встречается очень часто, причем охватывает виды, относящиеся к абсолютно разным таксонам; в отличие от него домен PF09182 не так широко распространен и встречается только у бактерий.

Задание 4

Представленность изучаемых доменов в белках Bacillus subtilis

№	PFAM ID	Bacillus subtilis
1.	PF09182	2 (у Bacillus subtilis и Bacillus subtilis subsp. natto BEST195)
2.	PF00156	2 (также у Bacillus subtilis и Bacillus subtilis subsp. natto BEST195)

Оба домена достаточно редко встречаются в белках бактерии Bacillus Subtilis (всего по 2 раза), хотя в белках остальных организмов - часто, особенно PF00156, встречающийся более 2500 раз (для него даже не открывается дерево, поэтому его представленность в различных белках я искала не тем способом, который указан в заданиях). Число белков с точно такой же доменной организацией, что и PURR_BACSU - всего 449 и лишь один из них у Bacillus Subtilis.

Задание 5

домен PF09182

Для первого домена не обнаружилось никаких интересных перестроек. Все "перестройки" - это либо "прилипание" мотива к одному из концов домена, либо потеря краевых участков домена:

PURR_BACSU

Q5WAD1_BACSK

A7FPK4_CLOB1

домен PF00156

1)N- и С-концевое расположение домена.

A5TZV1_MYCTA

PUR1_CHICK

2)На верхней картинке: домен дуплицировался и немного наложился на другой конец дупликата; на нижней - одиночный, недуплицированный домен.

O28485_ARCFU

Q2FSJ6_METHJ

3)Домен, слившийся с другим и расположенный отдельно от другого домена.

C5M1C4_9ALVE

Q7MUJ7_PORGI

Задание 6(*)



1)Самый короткий мотив - IPR015265; описан также в БД ProDom и Pfam; тип распознающего правила - Domain.
2)Самый длинный мотив - IPR010078; описан также в БД TIGRFAMs; тип распознающего правила - Family.
3)Структурные подписи, интегрированные в InterPro:



4)

структурный домен	границы в Pfam	границы в InterPro
PuR_N	4 -73	9 - 74
Pribosyltran	106 - 233	109 - 233

E-mail: yan1303@yandex.ru
Официальный сайт ФББ
Ваши предложения :)))
Проекты
Главная страница