Программа MEME
Задание 1
| мотивы | 1 | 2 | 3 |
| Во всех ли последовательностях нашелся мотив? | лишь в 6(из 7). В моем белке - PURR_BACSU - не нашелся. | да, во всех семи | в 6(из 7). В моем белке - PURR_BACSU - не нашелся. |
| координаты относительно PURR_BACSU | мотив не найден в PURR_BACSU | 192 - 241 | мотив не найден в PURR_BACSU |
| P-value относительно PURR_BACSU | мотив не найден в PURR_BACSU | 1.17e-37 | мотив не найден в PURR_BACSU |
| длина мотива | 50 | 50 | 40 |
| E-value мотива | 1.2e-076 | 2.7e-071 | 6.7e-044 |
Задание 2
Сравнение блоков (частичных выравниваний), найденных MEME, c полным выравниванием, выданным muscle
мотив 1
мотив 2
мотив 3
Если сравнить блоки, полученные в двух программах, можно заметить, что последовательности выравнены примерно одинаково. Опишу, чем они различаются: первый мотив программа muscle разорвала гэпами на несколько более мелких блоков; в первой последовательности (PURR_BACSU) второго мотива muscle поставила 3 гэпа, честно говоря, лично я не вижу в этом какого-либо смысла и пользы; третий мотив идентичен в обеих программах.
Хочу обратить внимание на еще одну интересную особенность: третий мотив расположен между первым и вторым, и их концевые участки перекрываются. Это можно увидеть в выравнивании в формате msf
или на картинке ниже. И еще: на мой взгляд, было бы неплохо к некоторым мотивам добавить еще по несколько колонок, например, к первому - 51 позицию слева и 159 -161 справа, к третьему - со 131 по 140 слдева и 201 - 212 колонки справа. Хотя, конечно, это мое субъективное мнение.
Задание 3
Поиск найденных мотивов в других последовательностях
результаты, полученные программой MAST
1)В скольких последовательностях (из имеющихся 39 в seed.fasta) нашелся каждый из мотивов? 2)В скольких нашлись все мотивы? 3)Соответствует ли выравнивание, взятое из Pfam, мотивам?
Задание 4(*)
Опишу свои впечатления от MEME Suite:
Вообще-то мне понравилась онлайн-форма программы МЕМЕ. Жаль только, что там нельзя назначать в качестве входного файла лист-файл (с идентификаторами последовательностей). Но можно копировать сами последовательности из fasta-файла или же загружать его из какой-либо директории на своем компьютере. MEME Suite выдает PSSM и PSPM матрицы. Конечно, html-страничка читается гораздо легче, чем текстовый документ, и, к тому же, на ней есть полезные картинки (см. ниже). Кстати, есть возможность получить результаты и в других форматах. P.S. картинки ниже представлены для второго мотива, для остальных - аналогичные.
E-mail: yan1303@yandex.ru
Официальный сайт ФББ
Ваши предложения :)))
Проекты
Главная страница