PSI-BLAST

Задание 1

ID белка	AC белка	Число итераций	Для первой итерации			Для последней итерации
			Число находок выше порога (0,005)	Худшее E-value выше порога	Лучшее E-value ниже порога	Число находок выше порога (0,005)	Худшее E-value выше порога	Лучшее E-value ниже порога
MINC_ECOLI	P18196	10	164	0.004	0.009	300	0.002	0.012
SSRP_ECOLI	P0A832	2	514	1e-10	4.1	514	9e-33	0.78
RP5M_RHIME	P17265	4	15	0.004	0.12	25	2e-11	0.070
PURR_BACSU	P37551	5 (хотя результат так и не сошелся, несмотря на все мои усилия и многочисленные попытки, а также на ручную коррекцию списка последовательностей)	472	0.004	0.006	1353	0.004	0.006

В каждом случае в большей или меньшей степени использовалась ручная коррекция набора последовательностей.

Задание 2

Я провела также поиск для последовательности с несходящимся результатом - а именно PURR_BACSU на сайте http://www.ebi.ac.uk/Tools/psiblast/ . Я сделала 10 (!) интераций, убирая каждый раз из списка последовательности с высоким значением E-value, и заметила, что с каждой последующей интерацией значение E-value худшей находки все уменьшается, но находок при этом меньше не становится. В итоге результат так и не сошелся.

E-mail: yan1303@yandex.ru
Официальный сайт ФББ
Ваши предложения :)))
Проекты
Главная страница