|
|
Одна из задач этого занятия - сравнить три поисковые системы: MRS, SRS и UniProt.
Найдя в каждой статью о моем белке из SwissProt, я убедилась, что везде представлена одинаковая информация о белке, различается лишь
интерфейс поисковых систем. Больше всего мне понравилось устройство статьи в системе UniProt: в ней наиболее удобно, на мой взгляд, организованы
поля References и Features. К тому же, можно переводить массу белка в другие единицы измерения. В SRS я отметила, что можно менять
формат последовательности (Fasta, SwissProt и др.). В MRS мне не понравилось устройство поля Features: не очень удобная вложенная
полоса прокрутки, нет, как в двух других системах, цветной диаграммы, более наглядно иллюстрирующей вторичную структуру белка.
В UniProt с каждого элемента вторичной структуры есть ссылка на отдельную страницу, где на общем фоне последовательности выделены
желтым цветом те аминокислотные остатки, которые участвуют в образовании конкретного элемента(спирали, листа, поворота).
Задание 2
Названия каких таксонов начинаются на "bacil"?
bacillaceae
bacillales
bacillariaceae
bacillariales
bacillariophyceae
bacillariophycidae
bacillariophyta
bacillus
Сколько в банке SwissProt записей, описывающих белки из рода Bacillus? 15224
Сколько в банке SwissProt записей, описывающих белки из отдела Firmicutes? 67277
Задание 3
| Формулировка функции белка
|
Строка запроса
|
Количество найденных документов
|
| 'pur operon repressor'
|
([swissprot-Description:pur operon repressor] & [swissprot-Taxonomy:Firmicutes*])
|
5
|
| pur
|
([swissprot-Description:pur*] & [swissprot-Taxonomy:Firmicutes*])
|
218
|
| repressor
|
([swissprot-Description:repressor*] & [swissprot-Taxonomy:Firmicutes*])
|
829
|
Задание 4
Сохраненные последовательности в fasta-формате
Задание 5(*)
| ID
|
описание белка
|
авторы
|
название публикации
|
год
|
| BLTD_BACSU
|
Spermine/spermidine acetyltransferase;
|
Ahmed,M., Lyass,L., Markham,P.N., Taylor,S.S., Vazquez-Laslop,N., Neyfakh,A.A.,
|
Two highly similar multidrug transporters of Bacillus subtilis whose expression is differentially regulated.
|
1995
|
| BLTR_BACSU
|
Multidrug-efflux transporter 2 regulator;
|
Ahmed,M., Lyass,L., Markham,P.N., Taylor,S.S., Vazquez-Laslop,N., Neyfakh,A.A.,
|
Two highly similar multidrug transporters of Bacillus subtilis whose expression is differentially regulated.
|
1995
|
| BMR1_BACSU
|
Multidrug resistance protein 1;
(Synonym : Multidrug-efflux transporter 1;)
|
Neyfakh,A.A., Bidnenko,V.E., Chen,L.B.,
|
Efflux-mediated multidrug resistance in Bacillus subtilis: similarities and dissimilarities with the mammalian system.
|
1991
|
| BMR2_BACSU
|
Multidrug resistance protein 2;
(Synonym : Multidrug-efflux transporter 2;)
|
Ahmed,M., Lyass,L., Markham,P.N., Taylor,S.S., Vazquez-Laslop,N., Neyfakh,A.A.,
|
Two highly similar multidrug transporters of Bacillus subtilis whose expression is differentially regulated.
|
1995
|
| BMRR_BACSU
|
Multidrug-efflux transporter 1 regulator;
|
Ahmed,M., Borsch,C.M., Taylor,S.S., Vazquez-Laslop,N., Neyfakh,A.A.,
|
A protein that activates expression of a multidrug efflux transporter upon binding the transporter substrates.
|
1994
|
| BMRU_BACSU
|
Putative lipid kinase BmrU;
|
Ahmed,M., Borsch,C.M., Taylor,S.S., Vazquez-Laslop,N., Neyfakh,A.A.,
|
A protein that activates expression of a multidrug efflux transporter upon binding the transporter substrates.
|
1994
|
Задание 6
| команда
|
результат
|
| grep "^ID" bacsu.gbk | wc -l
|
18202
|
| grep "^RN" bacsu.gbk | grep "1[012345]" | wc -l
|
42
|
|
E-mail: yan1303@yandex.ru
Официальный сайт ФББ
Ваши предложения :)))
Проекты
Главная страница
|