Пакет EMBOSS. Программы парного выравнивания.

Задание 1

seq1

Q

T

F

E

Q

Q

G

-

I

G

T

L

L

T

V

P

G

A

A

G

G

seq2

Q

T

T

E

Q

Y

M

C

I

Q

T

L

S

T

V

P

G

N

Q

G

G

Вес

5

5

-2

5

5

-1

-3

-12

4

-2

5

4

-2

5

4

7

6

-2

-1

6

6

Вес выравнивания: 42

Задание 2

Вес выравнивания, созданного программой stretcher, почти совпал с весом выравнивания, которое я сделала вручную. Они равны, соответственно, 43 (в stretcher) и 42 (вручную). Небольшая разница объясняется тем, что при одинаковом расположении мной и программой пар аминокислотных остатков, программа поставила gap в другом месте. Кстати, проценты идентичности и сходства, посчитанные вручную и при помощи программы, совпали.

в формате stretcher
Задание 3

Сравнение полного и частичного выравниваний двух белков: PURR_BACSU из Bacillus subtilis и XPT_PSEMY из Pseudomonas mendocina (strain ymp).

а) координаты участков, вошедших в чачтичное выравнивание:

PURR_BACSU	XPT_PSEMY
95 - 234	6 - 155

b) Локальное и полное выравнивания практически полностью совпадают, но все же я заметила небольшие различия: в локальном выравнивании против 95-го остатка E (Glutamic Acid) стоит 6-й остаток Q (Glutamine), а в глобальном против E стоит гэп, тогда как 6-й Q второй последовательности расположен под 89-м Q первой последовательности.

c)Вес полного выравнивания равен 175.5, а частичного 180.0 (при одних и тех же параметрах). Очевидно, вес оптимального глобального выравнивания может быть больше веса оптимального локального выравнивания только если глобальному задать гораздо меньшие штрафы за гэпы и их удлиннения, чем локальному. Если же выравнивания выполняются при одинаковых параметрах, то вес частичного будет всегда больше веса полного, потому что в частичном выравнивании берутся участки последовательностей более сходные по парам остатков. Следовательно, в локальном выравнивании получается меньше гэпов, меньше штрафов за них, и, конечно больше вес, чем в глобальном.

Дополнительное задание

Карта локального сходства двух последовательностей (программа dotmatcher пакета EMBOSS)





субоптимальное выравнивание, полученное с помощью matcher

E-mail: yan1303@yandex.ru
Официальный сайт ФББ
Ваши предложения :)))
Проекты
Главная страница