Множественное выравнивание последовательностей.

Задание 1
Множественное выравнивание, полученное в программе muscle


Фиолетовый цвет - 100% консервативная позиция, голубой - 70% консервативных остатков, желтый - 40% консервативных остатков. Цифры внизу обозначают функционально консервативные позиции (значения из матрицы BLOSSUM62), звездочка - позицию с номером, кратным 10, но не кратным 20, большая буква под колонкой обозначает консервативную позицию (все буквы в колонке одинаковы), маленькая буква - большинство остатков в позиции одинаковы.

Задание 2 Множественное выравнивание белка PURR_BACSU и его гомологов

Скорее всего имеют смысл участки выравнивания 131 - 137, 154 - 161, 199 - 209, 228 - 234 PURR_BACSU (соответственно 131 - 137, 154 - 161, 200 - 210, 229 - 235 в общей нумерации). Участки 44 - 47, 114 - 126 PURR_BACSU (соответственно 44 - 47, 114 - 126 в общей нумерации), скорее всего не несут биологического смысла. Группы сходных аминокислот, образующие в выравнивании функционально-консервативные позиции: DN, EQ, ST, KR, FYW, LIVM. Наиболее часто среди них встречаются: KR и LIVM. После прибавления новой группы - DE, состоящей из аспартата и глутамата, в выравнивании не появилось новых функционально-консервативных позиций.

Задание 3: Cравнение программ mafft и edialign.

Программа mafft выдает только один файл с выравниванием в формате fasta, который можно импортировать в GeneDoc, a edialign выдает два выходных файла - один - "текст", содержащий выравнивание и информацию о нем, а второй - выравнивание в формате fasta, которое можно импортировать непосредственно в Genedoc . Есть еще одно различие: mafft все буквы делает прописными, а edialign сохраняет строчные буквы, не образующие функционально-консервативных и консервативных позиций. Выравнивания, полученные в mafft и edialign, различаются.

E-mail: yan1303@yandex.ru
Официальный сайт ФББ
Ваши предложения :)))
Проекты
Главная страница