Паттерны и профили

Задание 1


выбран участок последовательности с номерами 225-236

Создание паттернов аминокислотных последовательностей
(комментарии - в последнем столбце таблицы)

Характеристика паттерна	Паттерн	В скольких последовательностях банка Swiss-Prot найден мотив, удовлетворяющий паттерну?	Все ли последовательности из Вашего выравнивания найдены?
Фрагмент последовательности	A-N-V-A-G-I-G-V-L-V-E-A	1	Из моего выравнивания найден только собственно мой белок - PURR_BACSU, чего и следовало ожидать.
Сильный	[AG]-[NSHEKQ]-[VAL]-[AVQ]-G-[IVL]-G-[VIAM]-[LV]-[VI]-E-[AK]	47	Да, найдены все последовательности из моего выравнивания, причем все они (кроме самого PURR_BACSU) относятся к семейству XPT.
Слабый	[AG]-{AGV}-x(2)-G-[ILMV]-G-x-[LV]-[VI]-E-[AK]	128	Да, найдены все последовательностьи из моего выравнивания. Все найденные белки относятся к семейству XPT, кроме моего белка PURR_BACSU и еще трех: PRMA_RHOPS, RIMO_FRASC и STU1_ASPFU.

Задание 2 Все описанные в PROSITE мотивы в заданном белке PURR_BACSU

Идентификатор документа PROSITE (AC)	Название мотива	Краткое описание мотива	Тип подписи (паттерн, профиль)	Паттерн (регулярное выражение)	Специфична ли подпись?	Сколько мотивов нашлось в белке?
PS00005	PKC_PHOSPHO_SITE	Сайт фосфорилирования протеин-киназы С	паттерн	[ST]-x-[RK]	неспецифична	5
PS00007	TYR_PHOSPHO_SITE	Сайт фосфорилирования тирозин-киназы	паттерн	[RK]-x(2)-[DE]-x(3)-Yor[RK]-x(3)-[DE]-x(2)-Y	неспецифична	1
PS00006	CK2_PHOSPHO_SITE	Сайт фосфорилирования казеин-киназы II	паттерн	[ST]-x(2)-[DE]	неспецифична	1
PS00008	MYRISTYL	Сайт N-миристоилирования	паттерн	G-{EDRKHPFYW}-x(2)-[STAGCN]-{P}	неспецифична	7

E-mail: yan1303@yandex.ru
Официальный сайт ФББ
Ваши предложения :)))
Проекты
Главная страница