Программы пакета BLAST для работы с нуклеотидными последовательностями

Задание 1. Поиск в геноме участков, кодирующих белки, похожие на заданный.


Поиск гомологов белка PURR_BACSU в геноме Streptococcus agalactiae.

Число находок с E-value < 0,001	3
E-value лучшей находки	1e-77
Название последовательности с лучшей находкой	AL766853 Streptococcus agalactiae NEM316 complete genome, segment 11
Координаты лучшей находки (от-до)	78936-78130 (на комплементарной цепи)
Процент последовательности белка, вошедший в выравнивание с лучшей находкой	94.74% (в вырвынивание не вошли 271-285 остатки белка)

Задание 2. Нахождение записи EMBL по последовательности программой BLASTN

Координаты одной из находок, в которой в выравнивание попала вся пробная последовательность, а совпадение – 100%: 662-841 (направление последовательности совпадает с направлением записи).
Последовательность присутствует в записи AB099984. В поле FT (разметка CDS) описан участок, пересекающийся с данной последовательностью (122..1309 ). Направление совпадает с направлением записи.

Задание 3. Поиск гомологов гена программой BLASTN

К сожалению, программа BLASTN не обнаружила гомологов гена, поэтому можно сделать вывод, что, видимо, программа BLASTN не подходит для поиска гомологов.

E-mail: yan1303@yandex.ru
Официальный сайт ФББ
Ваши предложения :)))
Проекты
Главная страница