A, B, Z-формы ДНК.

Задание 1 и 2
Файлы, полученные при использовании программы fiber пакета 3DNA, можно посмотреть по ссылкам:
gatc-a.pdb
gatc-b.pdb
gatc-z.pdb

А-ДНК В-ДНК Z-ДНК

Оранжевым цветом выделен сахарофосфатный остов, фиолетовым - все аденины, атомы N7 во всех гуанинах, кроме первого, выделены зеленым цветом, а атом N7 первого гуанина - розовым.

выделены все нуклеотиды:

Структуры ДНК (слева) и РНК (справа), найденные на сайте PDB:

Для этих структур получены PDB-файлы, содержащие в себе только координаты атомов РНК и ДНК (без разрывов).

Задание 3

Сравнение структур 3-х форм ДНК с помощью средств RasMol.

В А-ДНК в сторону малой бороздки смотрят атомы O2, C2, N3, а в сторону большой - C5, C6; В Z-ДНК в сторону большой бороздки смотрят атомы O2, C2, N3, а в сторону малой - C5, C6.

Основные спиральные параметры разных форм ДНК:

А-форма В-форма Z-форма

Тип спирали правая правая левая

Шаг спирали (Å) 28.03 33.75 43.50

Число оснований на виток 11 10 12

Ширина большой бороздки (Å) 16.81 (по гуанину) 17.21 (по цитозину) 7.20 (по гуанину)

Ширина малой бороздки (Å) 7.98 (по аденину) 11.69 (по аденину) 18.30 (по цитозину)

Сравнение торсионных углов в структурах А- и В-форм.

α (P-O5') β (O5'-C5') γ (C5'-C4') δ (C4'-C3') ε (C3'-O3') ξ (O3'-P) χ (C1'-N)
А-ДНК -51.69^o 174.78^o 41.72^o 79.06^o или -159.35^o 100.38^o -75.08^o -157.19^o
В-ДНК -29.89^o 136.35^o 31.14^o 143.40^o или -100.73^o 105.86^o -160.50^o -97.99^o

Полученные значения торсионных углов отличаются от приведенных в презентации, поскольку вычислялись для цитозина, а не гуанина. Однако в целом соотношения между углами А и В форм ДНК остались приблизительно такими же.

E-mail: yan1303@yandex.ru
Официальный сайт ФББ
Ваши предложения :)))
Проекты
Главная страница