Самостоятельная работа
Для начала я...
...получила полный протеом Bacillus subtilis командой seqret sw:*_BACSU;
получила фрагмент генома S.pneumoniae из заданной записи EMBL с заданным началом, длиной 7000 нуклеотидов;
Извлекла из данного фрагмент генома S.pneumoniae трансляции открытых рамок
считывания с помощью программы getorf со всеми необходимыми параметрами;
создала индексные файли программой makeblastdb ;
Так как последовательности, полученные программой getorf, и протеом Bacillus subtilis это белковые последовательности,
использовала программу blastp из пакета EMBOSS ;
при помощи grep и MS Excel, создала файл с информацией обо всех найденых рамках.
файл xls
Открытые рамки, для которых нашлась хотя бы одна сходная последовательность:
Схематическое положение на фрагменте тех открытых рамок,
для которых нашлись сходные последовательности в B. subtilis:
5'-----------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------3' 3'-[<=ALDH4,2-1573]---------------[<=YFKJ,2246-2671]-[<=YRBF,2720-3016]--[<=DXS,3136-5109]------------------------------[<=MTLR,6429-6998]-5'
Сравнение взаимного расположения предсказанных генов в исследуемом фрагменте и сходных аннотированных генов в геноме B. subtilis.
| название белка | начало гена | конец гена |
| MTLR_BACSU | 467130 | 469211 |
| YFKJ_BACSU | 862004 | 862471 |
| ALDH4_BACSU | 2100580 | 2102064 |
| DXS_BACSU | 2525614 | 2523716 |
| YRBF_BACSU | 2832693 | 2832427 |
Все гены, найденный в Bacillus subtilis, расположены очень далеко друг от друга (и, разумеется, никаких перекрываний между ними нет). К тому же они лежат на разных цепях : первые 3 в таблице - на одной цепи, последние 2 - на другой, чего не наблюдалось в последовательности S. pneumoniae (понятия прямой и обратной цепи не имеют биологического смысла, т.к. определяются выбором исследователей). Все вышесказанное говорит о неконсервативности расположения данных генов, а также о том, что белки, которые они кодируют, вряд ли связаны транскрипционно и функционально.
К сожалению, мне не попался случай с перекрыванием генов, но т.к. было бы очень полезно поделиться своими соображениями по такому интересному случаю, я решила описать перекрывание генов, кодирующих белки JAG_BACSU и OXAA1_BACSU (из задания Ксении Шехиревой
) В геноме бактерии Streptococcus pneumonicae гены, гомологичные JAG_BACSU и OXAA1_BACSU находятся всего лишь на расстоянии 3 нуклеотидов друг от друга, что очень близко. А в геноме Bacillus subtilis гены, кодирующие белки JAG_BACSU и OXAA1_BACSU, вообще перекрываются на четырехнуклеотидный фрагмент gtga. Известно, что перекрыване на 2 или на 4 (как в нашем случае) нуклеотида достаточно часто встречается у прокариот, и это явление является вполне нормальным, тем более что гены у них обычно упакованы достаточно плотно. Можно даже убедиться, что триплет gtg - это старт-кодон нуклеотидной последовательности, кодирующей JAG_BACSU, а триплет tga - стоп-кодон OXAA1_BACSU. Я думаю, что такое близкое соседство генов (а во втором случаке даже перекрывание) указывает на то, что эти гены могут транскрибироваться вместе, и что они вполне могут быть как-то связаны функционально, например, входить в какой-то общий белковый комплекс, или участвовать в каком-либо метаболическом пути.
E-mail: yan1303@yandex.ru
Официальный сайт ФББ
Ваши предложения :)))
Проекты
Главная страница