|
|
Задание1: Сбор информации о ферменте GSHR_HUMAN
EC 1.8.1.7
1: Оксидоредуктаза
8: Действие на сульфогруппу донора
1: НАД+ или НАДФ+ в качестве акцептора
7: Глутанион НАДФ+ - оксидоредуктаза
Схема реакции: 2 glutathione + NADP+ = glutathione disulfide + NADPH + H+
Задание 2: Сохранение функции фермента у белков со сходными последовательностями
При поиске в SRS всех белков мыши (Mus musculus) из Swiss-Prot, у которых класс (т.е., первое число) классификации EC совпадает с таковым моего фермента,
нашлось 289 белков (включая сам мой фермент). Из них подкласс по ЕС (второе число) совпадает у 22 белков (естественно, не включая мой фермент), еще и третье
число совпадает у 6 белков, а вот всю классификацию 1.8.1.7 имеет только сам GSHR_HUMAN. Результаты получены при помощи средств MS Excel.
Из файла с fasta-последовательностями белков мыши была создана база данных программой makeblastdb;
Командой
blastp -query gshr_human.fasta -db ec -evalue 10 -out gshr_blast
был проведен поиск белков, сходных с GSHR_HUMAN.
Программа выдала 15 результатов, из которых первые 5 можно считать достоверными гомологами, исходя из e-value, функции и EC.
Сохранение функции в зависимости от позиции находки в выдаче blastp:
| позиция находки в выдаче blastp
|
ID белка
|
Функция
|
E-value
|
EC
|
| 1
|
GSHR_MOUSE
|
Glutathione reductase, mitochondrial
|
0.0
|
1.8.1.7
|
| 2
|
TRXR2_MOUSE
|
Thioredoxin reductase 2, mitochondrial
|
3e-89
|
1.8.1.9
|
| 3
|
TRXR3_MOUSE
|
Thioredoxin reductase 3
|
5e-67
|
1.8.1.9
|
| 4
|
TRXR1_MOUSE
|
Thioredoxin reductase 1, cytoplasmic
|
6e-67
|
1.8.1.9
|
| 5
|
DLDH_MOUSE
|
Dihydrolipoyl dehydrogenase, mitochondrial
|
9e-45
|
1.8.1.4
|
| 6
|
AIFM3_MOUSE
|
Apoptosis-inducing factor 3
|
5e-09
|
1.-.-.-
|
| 7
|
PYRD2_MOUSE
|
Pyridine nucleotide-disulfide oxidoreductase
|
0.005
|
1.-.-.-
|
| 8
|
NNTM_MOUSE
|
NAD(P) transhydrogenase, mitochondrial
|
0.014
|
1.6.1.2
|
| 9
|
AOFA_MOUSE
|
Amine oxidase [flavin-containing] A
|
0.041
|
1.4.3.4
|
| 10
|
AIFM1_MOUSE
|
Apoptosis-inducing factor 1, mitochondrial
|
0.045
|
1.-.-.-
|
| 11
|
PYRD1_MOUSE
|
Pyridine nucleotide-disulfide oxidoreductase
|
0.045
|
1.8.1.-
|
| 12
|
ETFD_MOUSE
|
Electron transfer flavoprotein-ubiquinone
|
0.15
|
1.5.5.1
|
| 13
|
AOFB_MOUSE
|
Amine oxidase [flavin-containing] B
|
0.28
|
1.4.3.4
|
| 14
|
KDM1A_MOUSE
|
Lysine-specific histone demethylase 1A
|
0.89
|
1.-.-.-
|
| 15
|
DHRS1_MOUSE
|
Dehydrogenase/reductase SDR family member 1
|
5.0
|
1.1.-.-
|
E-mail: yan1303@yandex.ru
Официальный сайт ФББ
Ваши предложения :)))
Проекты
Главная страница
|