Занятие 5: Онтология

Задание1: Описание функции белка PURR_BACSU с помощью аннотации Gene Ontology

	Онтология GO (название словаря)	Количество разных ассоциированных терминов GO	Функция белка (краткое описание, близкое к тексту определения термина(ов) GO
Зачем, для чего?	biological process	6	белок участвует в транскрипции и ее регуляции(подавляет транскрипцию); репрессия метаболизма пуриновых оснований.
Молекулярный механизм и специфичность	molecular function	1	связывание с ДНК

Задание 2: Описание трех терминов GO, ассоциированных с белком PURR_BACSU

Описание терминов GO

GO ID выбранного термина	Список синонимов	Список ближайших родительских терминов GO с указанием типа связи	Список ближайших дочерних терминов GO с указанием типа связи
GO:0045982	подавление метаболизма пуриновых оснований	negatively regulates: метаболизм пуриновых оснований (GO:0006144) is a: регуляция метаболизма пуриновых оснований (GO:0006141) is a: отрицательная регуляция метаболизма соединений, содержащих азотистые основания (GO:0045934)	нет
GO:0003677	нет	is a: связывание нуклеиновых кислот (GO:0003676)	Например (всего - 13): is a: связывание поврежденной ДНК (GO:0003684) is a: ДНК-топоизомеразная активность (GO:0003916) regulates: регуляция связывания ДНК (GO:0051101)
GO:0045892	ДНК-зависимое подавление транскрипции	is a: подавление метаболизма РНК (GO:0051253) is a: подавление экспрессии генов (GO:0010629) is a: ДНК-зависимая регуляция транскрипции (GO:0006355) is a: отрицательная регуляция клеточных макромолекул(GO:2000113) negatively regulates: ДНК-зависимое подавление транскрипции (GO:0006351)	Например (всего - 17): is a: подавление транскрипции с промотора РНК-полимеразы II(GO:0000122) is a: подавление транскрипции во время митоза (GO:0007068) is a: подавление транскрипции путем разрушения транскрипционных факторов (GO:0010620)

GO:0045982


GO:0003677


GO:0045892


Задание 3: Описание протеома бактерии Bifidobacterium dentium, полный геном которой секвенирован и аннотирован,с использованием терминов GO.

число белков протеома: 9168

какому проценту белков приписан хоть один термин GO? 5882/9168=64.16%

Термины из словаря FUNCTION встречаются чаще всего, что видно из гистограммы:




В словаре F ("функции") чаще всего встречаются термины GO:0005524 (связывание АТФ), GO:0003677 (связывание ДНК), GO:0005215 (транспортная активность), GO:0003700 (транскрипционный фактор, связывающий специфичные участки ДНК), GO:0003735 (структурная составляющая рибосомы)(в сотни раз чаще, чем остальные);

В словаре С ("локализация") чаще всего встречаются термины GO:0016021 (интеграция в мембране), GO:0005737 (цитоплазма), GO:0005886 (плазматическая мембрана), GO:0005622 (внутриклеточный), GO:0016020 (мембрана), GO:0005840 (рибосома);

В словаре P ("процесс") чаще всего встречаются термины GO:0006351 (транскрипция, ДНК-зависимый), GO:0005975 (метаболизм углеводов), GO:0006412 (трансляция).

Думаю, это можно объяснить тем, что перечисленные функции и процессы являются наиболее важными для выживания бактерии.

E-mail: yan1303@yandex.ru
Официальный сайт ФББ
Ваши предложения :)))
Проекты
Главная страница