Занятие 3: Алгоритмы реконструкции филогенетических деревьев.

Занятие 3


Задание1: Укоренение в среднюю точку.
Для укоренения дерева, полученного методом neighbor-joining на прошлом занятии, в среднюю точку, я воспользовалась программой retree. Сначала программа выдала какое-то укорененное дерево (видимо, в произвольную точку):



Затем я нажала М (что означает "Midpoint root the tree") и получила дерево, укорененное в среднюю точку: 


(IF2_CLOB1:0.36777,((IF2_LACLM:0.34903,IF2_STRPN:0.27519):0.08432,
(IF2_STAES:0.21496,((IF2_LISMO:0.21104,IF2_BACAN:0.16766):0.00788,
IF2_BACSU:0.11823):0.00932):0.02534):0.04092,IF2_LACAC:0.41978);


Укоренение произошло в ветвь {CLOB1,LACAC} vs {LISMO,BACAN,BACSU,STAES,LACLM,STRPN}, что не соответствует правильному дереву.

Деревья, построенные по принцмпу максимальной экономии, нельзя укоренить, потому что они не используют гипотезу молекулярных часов, т.е. расстояния в них не рассчитываются, а для рассчета средней точки как раз расстояния и нужны. Дерево, построенное с помощью алгоритма UPGMA нет смысла укоренять в среднюю точку, т.к. данный алгоритм выдает уже укорененное дерево.





Задание 2: использование внешней группы.

В качестве внешней группы был использован белок семейства IF2 из кишечной палочки (Escherichia coli) - IF2_ECOLI. Затем было построено выравнивание последовательностей программой muscle, результат подан на вход программе fprotpars, а полученное дерево обработано программой retree. В конце я убрала вручную внешнюю группу.


У полученного дерева правильны лишь две ветви:

{LACLM,STRPN} vs {CLOB1,LACAC,LISMO,BACAN,BACSU,STAES}
{BACAN,BACSU} vs {CLOB1,LACAC,LACLM,STRPN,LISMO,STAES};
остальное - неверно.



Задание 3: Бутстреп.

Консенсусное дерево из программы fconsense

                                                                    
                  +---------------------------------------IF2 LACAC 
                  |                                                 
                  |                               +-------IF2 BACAN 
                  |                       +--88.5-|                 
          +-100.0-|               +-100.0-|       +-------IF2 BACSU 
          |       |               |       |                         
          |       |       +-100.0-|       +---------------IF2 CLOB1 
          |       |       |       |                                 
  +-------|       +-100.0-|       +-----------------------IF2 STAES 
  |       |               |                                         
  |       |               +-------------------------------IF2 LISMO 
  |       |                                                         
  |       +-----------------------------------------------IF2 LACLM 
  |                                                                 
  +-------------------------------------------------------IF2 STRPN
Если сравнивать полученное только что дерево с результатом fprotpars на исходном выравнивании, то можно смело утверждать, что алгоритм Бутстрэп не дал никакого результата, т.к. оба дерева абсолютно идентичны: они обладают одинаковым набором ветвей. Дерево неверно. 

Species in order:  
                   
  1. IF2 STRPN     
  2. IF2 LACLM     
  3. IF2 LISMO     
  4. IF2 STAES     
  5. IF2 BACSU     
  6. IF2 BACAN     
  7. IF2 CLOB1     
  8. IF2 LACAC     

Sets NOT included in consensus tree:                     
                                                         
Set (species in order)     How many times out of  100.00 
                                                         
.....**.                   10.50                         
....*.*.                    1.00
Среди исключенных ветвей правильных тоже, к сожалению, нет.


E-mail: yan1303@yandex.ru
Официальный сайт ФББ
Ваши предложения :)))
Проекты
Главная страница


©Шарапова Яна