Гомологичное моделирование комплекса белка с лигндом

Выравнивание лизоцима форели (ID: 1LMP, Oncorhynchus mykiss) и лизоцима LYS_BPPZA из Bacillus phage PZA было построено с помощью ClustalW. Далее выравнивание было модифицировано: изменены названия последовательностей (>P1;1lmp для лизоцима форели, >P1;seq для исследуемого белка).
После имени последовательности моделируемого белка была добавлена строчка 

sequence:ХХХХХ::::::: 0.00: 0.00
,
описывающая входные параметры последовательности для modeller;
После имени последовательности белка-образца была добавлена строчка 
structureX:1lmp_now.ent:1 :A: 132 :A:undefined:undefined:-1.00:-1.00
,
которая описывает, какой файл содержит структуру белка с этой последовательностью, номера первой и последней аминокислот в структуре, идентификатор цепи и тд. В конце каждой последовательности были добавлены символы 
/.
. Символ "/" означает конец цепи белка. Точка указывает на то, что имеется один лиганд.
Файл alig.pir с исправленным выравниванием.
Модифицированный файл 1lmp_now.ent.

Перед написанием скрипта для моделировния был проведен анализ референсной структуры 1LMP, представляющей лизоцим в комплексе с лигандом. Наиболее важные, на мой взгляд, взаимодействия, отмечены на рисунке:



Эти же остатки показаны розовым цветом на выравнивании. Думаю, что из участия в моделировании стоит исключить остаток 35: Если в референсной структуре 35-й остаток - это глутаминовая кислота, то в моделируемой это будет аспарагин. Его радикал короче на одну метиленовую группу, поэтому, скорее всего, расстояние между атомами в этом остатке и лиганде, образующими водородную связь, увеличится. Ну и поэтому, собственно, в полученной структуре этого взаимодействия может вовсе не быть. Оставшиеся четыре пары остатков консервативны, либо обладают сходными свойствами.


Итак, для скрипта выбраны следующие остатки: 
1LMP				моделируемая структура
ASP52.OD2 (NDG132.O6)           GLU138.OD2 (NAG259.O6C)
ASP101.OD2 (NAG130.O6)          ASP194.OD2 (NAG259.O6A)
ASN103.ND2 (NAG130.O7)          ASN196.ND2 (NAG259.O7A)
ALA107.O (NAG131.N2)            VAL200.O   (NAG259.N2B)

Примечание: последовательность моделируемого белка содержит 258 аминокислотных остатков, следовательно, лиганд будет 259-ым.
Скрипт











E-mail: yan1303@yandex.ru
Официальный сайт ФББ
Ваши предложения :)))
Проекты
Главная страница


©Шарапова Яна