Pymol

Дана структура 1LMP, представляющая комплекс лизоцима радужной форели в комплексе с лигандом. Я оценила область связывания лиганда, выделив остатки, находящиеся на расстоянии 3.5 Å от лиганда. Ниже представлены возможные взаимодействия белка с лигандом:



Проанализировав, таким образом, структуру сайта связывания, я предположила, что мутация по остатку Asp52 может привести к потере возможности связывания лиганда. Карбоксильная группа данного остатка расположена очень близко к гидроксильной группе лиганда (2.4 Å); замена аспартата на что-то более объемное, или противоположно заряженное, может помешать связыванию лиганда.
Средствами Wizard->Mutagenesis была получена мутация в белке:
Asp52 был заменен на Tyr52. Как видно из рисунка ниже, тирозин явно препятствует связыванию лиганда.



Флуоресцентная метка Tamra, пришитая к остатку Ser81 через сложноэфирную связь.



Полиаргининовая спираль:



скрипт


Оценка возможностей Wizard->Demo->Sculpting : можно, например, вращать связи и двигать атомы (см рисунки ниже), но это лишь малая часть того, что может Sculpting :-)



Используя babel (obgen my.smi > my.mol), построила структуру кубана:



cubane.smi
cubane.mol

E-mail: yan1303@yandex.ru
Официальный сайт ФББ
Ваши предложения :)))
Проекты
Главная страница