Семи-эмпирические вычисления: Mopac

Задание 1: Структура порфирина
С помощью программы OpenBabel файл SMILES (1.smi) был конвертирован в формат .mol. Пришлось, правда, вручную убирать лишние водороды и корректировать положения двойных связей. Также структура не была плоской, и я оптимизировала ее в ChemSketch.



Далее были проведены две парметризации структуры порфирина (PM6 слева и AM1 справа). В обоих случаях получены плоские структуры.



Задание 2: Спектр поглощения порфирина
В mop-файл были добавлены строчки "cis c.i.=4 meci oldgeo , some description". Теперь МОРАС может рассчитать возбужденные состояния порфирина. Длины волн находились по формуле
l = 10^9 * c * h / E , где
l - длина волны, нм
c - скорость света в вакууме, 3*10^8 м/с
h - постоянная Планка, 4,136*10^-15 эВ*с
E - энергия из файла out, эВ





Задание 3: Парахинон
Трехмерные структуры были получены, как и в первом задании, из SMILES, затем обработаны в МОРАС. Сверху - прахинон, внизу - его дианион. Различия представлены на картинках. Добавление отрицательного заряда на атомы кислорода пивело к увеличению длины связи С=О и немного изменило геометрию бензольного кольца.





Задание 4:






Первое состояние - заряд 0, второе - возбужденное - заряд +2, третье - снова 0. Соответствующие энергии:
-3273.58217 EV
-3253.90828 EV
-3273.69776 EV
Система из двух молекул тимина энергетически выгоднее, чем тиминовый димер, поэтому энергия после третьей оптимизации не вернулась к исходному значению, а стала меньше.

E-mail: yan1303@yandex.ru
Официальный сайт ФББ
Ваши предложения :)))
Проекты
Главная страница