Вычисление валентных параметров для молекулярной механики
Зависимость энергии молекулы от длины С-С связи
Имеем файл-заготовку с оптимизированной структурой этана в виде z-матрицы.
Для получения зависимости нужно порядка двадцати таких файлов с разными значениями длины связи.
Чтобы автоматизировать процесс создания этих файлов, создадим скрипт make_b.bash.
Следующий скриптзапустит GAMESS для каждой из 21 структур.
И, наконец, make_b_energy.bash выведет значения всех длин связи С-С и соответствующих им энергий в файл bond.
Графическая зависимость энергии молекулы от длины связи:
Зависимость аппроксимирована функцией: f(x)=a+k(x-b)2.
Значения констант:
a=-79,7652 +/- 0,0004522
k=0,563608 +/- 0,02335
b=1,55432 +/- 0,002455
Зависимость аппроксимирована недостаточно точно и точки не совсем лежат на кривой, вероятно, потому, что аппроксимирующая функция в реальности более сложная, чем та, что я использовала, - например, полином более высокой степени.
Зависимость энергии молекулы от величины НСН-угла
Заготовка та же, что и в предыдущем случае.
Скрипт make_a.bash для получения молекул этана с разными значениями угла НСН (в интервале от 109.2o до 113.2o).
файл с углами и соответствующими им значениями энергии системы.
Графическая зависимость энергии молекулы этана от угла НСН представлена на рисунке:
Зависимость аппроксимирована функцией: f(x)=a+k(x-b)2.
Значения констант:
a=-79,7647 +/- 1,21e-08
k=3,56076e-05 +/- 6,229e-09
b=111,38 +/- 9,954e-05
Аппроксимация вышла хорошо - видно, что все точки лежат на параболе.
Зависимость энергии молекулы от величины dihedral3
Заготовка та же, что и в двух предыдущих случаях.
Скрипт make_d.bash для получения молекул этана с разными значениями угла d3 (в интервале от -180o до 180o).
файл с углами и соответствующими им значениями энергии системы.
Графическая зависимость энергии молекулы этана от угла d3 представлена на рисунке:
Из графика отчетливо видно, что функция имеет три энергетических минимума, соответствующих заторможенным конформациям этана (их три, возникают при повороте на 120o, или 2π/3), и три максимума, соответствующих заслоненным конформациям, которых тоже три. Следовательно, если бы нужно было аппроксимировать функцию, я бы сделала это косинусоидой с периодом 2π/3.
E-mail: yan1303@yandex.ru
Официальный сайт ФББ
Ваши предложения :)))
Проекты
Главная страница