Вычисление точечных зарядов и VdW параметров для молекулярной механики |
||
|
1. Возьмем et.logиз предыдущего занятия и сделаем из него et.pdb, выполнив команду babel -igamout et.log -opdb et.pdb 2. С помощью скрипта Ante_RED.pl подготовим p2n-файл. Заряд молекулы равен 0, мультиплетность равна 1, p2n-файл переименовала в Mol_red1.p2n 3. Запустила скрипт RED-vIII.4.pl, результат работы которого - файл Mol_m1-o1.mol2 с координатами и зарядами. 4. Создала файлс с описанием молекулы этана в формате пакета GROMACS, расстояния переведены в нанометры. При расчете Ван-дер-Ваальсовых сил используется одна переменная epsilon для атомов водорода. 5. С помощью скрипта создала 7 файлов с топологией и разными значениями epsilon. Далее проводилась молекулярная динамика для каждой топологии в двух "агрегатных состояниях" - в жидкой и газообразной форме. С помощью утилиты g_energy были вычислены значения энергий.
В газовой фазе В жидкой фазе
epsilon LJ Coulomb LJ Coulomb Энтальпия испарения
1,000 -0,000236449 3,69764e-05 -247,817 0,00192316 247,8
0,125 -0,000157985 3,69529e-05 -26,5746 0,000238152 26,6
0,03703 -0,000139815 3,69735e-05 -4,931675 0,000182078 4,9
0,01562 -0,000134519 3,69783e-05 -3,20117 0,000133985 3,2
0,008 -0,000130581 3,69841e-05 -2,26543 0,000184622 2,3
0,00462 -0,000128495 3,69945e-05 -2,17784 0,000200743 2,2
0,00291 -0,000127071 3,69938e-05 -2,60574 0,000106203 2,6
В газовой фазе кулоновские и Ван-дер-Ваальсовы взаимодействия различаются мало (примерно в 10 раз), в жидкой наибольший вклад вносят именно Ван-дер-Ваальсовы, а кулоновские пренебрежимо малы. Экспериментальное значение энтальпии испарения при 25o равно 5.4 кДж/моль, значит, для воспроизведения этого значения при подсчетах epsilon должно лежать в интервале примерно от 0.037 до 0.05.
|
||