Молекулярная динамика биологических молекул в GROMACS

Моделирование плавления ДНК в формамиде

  • Силовое поле, используемое при построении топологии - amber99sb.
  • Заряд системы, равный -10 (из-за 5 фосфатов в остове ДНК), был нейтрализован десятью положительными зарядами.
  • Форма ячейки близка к кубической с размерами 5.014 х 5.007 х 5.268 нм; объем равен 132,254 нм3 dna_ec.gro
  • Минимизация энергии dna_em.log:
    • Интегратор - l-bfgs; алгоритм минимизации - steepest descent
    • Алгоритм расчёта электростатических и Ван-дер-Ваальсовых взаимодействий: coulombtype= Cut-off (для электростатики); vdw-type = Cut-off
  • Утряска растворителя:
    • Параметр, обуславливающий неподвижность биополимера: -DPOSRES
    • Число шагов: 10000
    • Длина шага: 0.001 пс
    • Алгоритм расчёта электростатических и Ван-дер-Ваальсовых взаимодействий: coulombtype = pme; vdw-type = Cut-off
    • Алгоритмы термостата и баростата: Tcoupl = Berendsen, Pcoupl = no


    • Как видно из картинок, приведенных ниже, молекулы растворителя после "утряски" приняли более хаотичное расположение. Его молекулы образовали водородные связи.










    E-mail: yan1303@yandex.ru
    Официальный сайт ФББ
    Ваши предложения :)))
    Проекты
    Главная страница


    ©Шарапова Яна