Пространственная структура белка PURR BACSU (PDB ID 1o57)

Заголовок структуры: DNA BINDING PROTEIN 1O57
Название структуры: CRYSTAL STRUCTURE OF THE PURINE OPERON REPRESSOR OF BACILLUS SUBTILIS
В документе представлены следующие цепи макромолекул:

Идентификатор цепи	Число остатков	Название молекулы	Комментарии
A	285	PUR OPERON REPRESSOR
B	285	PUR OPERON REPRESSOR
C	285	PUR OPERON REPRESSOR
D	285	PUR OPERON REPRESSOR

В документе представлены следующие низкомолекулярные вещества:

ID	Название	Формула	Число молекул	Комментарии
SO4	SULFATE ION	O4 S 2-	8
EPE	4-(2-HYDROXYETHYL)-1-PIPERAZINE ETHANESULFONIC ACID	C8 H18 N2 O4 S	2
P6G	HEXAETHYLENE GLYCOL	C12 H26 O7	2
2PE	NONAETHYLENE GLYCOL	C18 H38 O10	1
PG4	TETRAETHYLENE GLYCOL	C8 H18 O5	1
1PE	PENTAETHYLENE GLYCOL	C10 H22 O6	2
HOH	WATER	H2 O	568

Характерные размеры структуры ~ 118.35 A Distance ARG4B.CD-VAL243D.CG1: 118.35	Форма белка PURR_BACSU похожа на крылья ангела. А еще его очертания напоминают мне щитовидную железу :)
Аппроксимирую белок цилиндром с высотой ~ 118.35 A и радиусом основания ~ 69.69 A (Distance SER38D.CB-ILE183C.CD1: 69.69). Тогда объем белка PURR_BACSU ~ 3.14*(69.69)^2*10^(-30)*118.35~1.8*10^(-24) куб.м
Сколько молекул моего белка поместится в одной клетке Ercherichia coli, если она аппроксимирована цилиндром r=0.5*10^(-6) m и h=2*10^(-6) m ? Количество молекул равно отношению оъемов клетки и молекулы моего белка: 3.14*0.25*2*10^(-18)/1.8*10^(-24)~8.7*10^5 молекул (870 тыс.)	- Предположим, что все 4400 белков кишечной палочки были синтезированы одновременно и в равных количествах. Предположим, что размеры всех белков одинаковы и равны размерам моего белка PURR_BACSU. Предположим, что в клетке ничего нет, кроме белков. Сколькими молекулами будет представлен каждый белок? - в количестве, равном ~ 870 000/4400=198 молекул.
Задача про световой микроскоп. Средняя длина световой волны равна 600 нм, тогда предел разрешения светового микроскопа - 300 нм. Значит, мы сможем увидеть объект с площадью 9*10^(-14) m. Площадь осевого сечения моего белка равна 2r*h=2*69.69*10^(-20)*118.35~1.65*10^(-16) кв.м. Значит, для создания такого объекта потребуется 9*10^(-14)/1.65*10^(-16)~545 молекул белка PURR_BACSU.	Различия во внешнем виде аминокислоты вызваны тем, что ChemSketch показывает лишь эскиз молекулы, а RasMol, кроме того, учитывает еще и влияние атомов молекулы друг на друга, влияние соседних молекул( т.к. фенилаланин входит в состав белка, он участвует в различных видах взаимодействий. Слева: изображение Фенилаланина, полученное в RasMol, справа - в ACD ChemSketch.

E-mail: yan1303@yandex.ru
Официальный сайт ФББ
Ваши предложения :)))
Проекты
Главная страница