Карта Рамачандрана(PDB ID 1o57)
Taблица "Измерение торсионных углов остатка XXX10 в белке PURR_BACSU, цепь А"
|
Название
двугранного угла |
Угол определяется по координатам атомов
(обращение к атому в соответствие с синтаксисом RasMol, в скобках – название атома) |
Данный угол описывает поворот вокруг связи |
Результат измерения
с помощью RasMol |
| φ |
1. LEU9:A.C (карбонильный углерод лейцина(9)) 2. VAL10:A.N (азот валина(10)) 3. VAL10:A.CA (α-углерод валина(10)) 4. VAL10:A.C (карбонильный углерод валина(10)) |
N10 - C&alpha10 | -66.16 |
| ψ |
1. VAL10:A.N (азот валина(10)) 2. VAL10:A.CA (α-углерод валина(10)) 3. VAL10:A.C (карбонильный углерод валина(10)) 4. ASP11:A.N (азот аспарагиновой кислоты(11)) |
C&alpha10 - C10 | -49.03 |
| ω |
1. VAL10:A.CA (α-углерод валина(10)) 2. VAL10:A.C (карбонильный углерод валина(10)) 3. ASP11:A.N (азот аспарагиновой кислоты(11)) 4. ASP11:A.CA (α-углерод аспарагиновой кислоты(11)) |
C10 - N11 | -178.92 |
Для угла φ всех а.о. моего белка характерно расположение в интервале приблизительно от -170 до -40 гр., а для угла ψ - в интервалах ~ от -50 до 25 и от 100 до 175 гр. Для угла φ α-спиралей моего белка характерно расположение в основном в интервале приблизительно от -100 до -50 гр., а для угла ψ - в интервале ~ от -50 до 25 гр. Для угла φ 7beta;-листов моего белка характерно расположение в интервале приблизительно от -170 до -50 гр., а для угла ψ - в интервалах ~ от 100 до 175 гр. Следует заметить, что значения торсионных углов для остатков пролина и глицина разбросаны в достаточно широких интервалах.
Вы можете ознакомиться также с картами Рамачандрана в текстовом формате:
- для всех аминокислотных остатков
- для всех остатков пролина
- для всех остатков глицина
- для всех α-спиралей
- для всех β-листов
Рис. Определение торсионного угла φ
E-mail: yan1303@yandex.ru
Официальный сайт ФББ
Ваши предложения :)))
Проекты
Главная страница