Практикум 4:

Поиск гомологов с помощью BLAST

Acidiphilium cryptum

Aromatoleum aromaticum

Pseudomonas mendocina

Pseudomonas aeruginosa

Pasteurella multocida

Yersinia pestis

Escherichia coli

Визуализация филогении белков

На рисунке вы видите дерево отвечающее предполагаемой эволюции рассматриваемой группы белков, красным отмечена группа ортологов, АТФ-зависимые протеазы с HslU АТФазным доменом. Зелёным отмечена группа АТФ-зависимых Clp протеаз. Жёлтая-Zn зависимые металлопротеазы.

Ортологи: HSLU_PSEAE и HSLU_PSEMY CLPX_YERPE и CLPX_ECOLI A5FVF9_ACICJ и Q5P1F9_AROAE

Паралоги: A5FYF6_ACICJ и A5FVF9_ACICJ Q5P8Y1_AROAE и Q5P0U1_AROAE Q9CKU5_PASMU и Q9CNJ2_PASMU

Реконструированная филогения не отличается от той, которая была выявляена в рамках прошлых практикумов.