Практикум 15.

Сборка генома de novo.

Для начала я получил файл исходного секвенирования бактерии Buchnera aphidicola (SRR4240379)

Триммирование.

По рекомендации я создал файл adapters.fasta состоящий из содержимого файлов папки /NGS/adapters.

Теперь мы можем удалить адаптеры, для этого мы воспользуемся командой: TrimmomaticSE -phred33 SRR4240379.fastq.gz noad.fq.gz ILLUMINACLIP:adapters.fa:2:7:7

Выдача программы: Input:7400155 Surviving:7269852 (98.24%) Dropped:130303 (1.76%)

Исходя из выданных данных мы можем утверждать, что 1.76% чтений являлись адаптерами.

Теперь мы удалим все последовательности длинна которых менее 32 нуклеотидов и нуклеотиды низкого качества. Для этого выполним команду: TrimmomaticSE -phred33 noad.fq.gz trimmed.fq.gz TRAILING:20 MINLEN:32

Результаты:

Input: 7269852 Surviving:6974267 (95.93%) Dropped: 295585 (4.07%)

Давайте теперь сравним размер файлов полученный на разных этапах очистки с исходным файлом:

167 mb SRR4240379.fastq.gz 164 mb noad.fq.gz 156 mb trimmed.fq.gz

Velveth.

Для подготовки k-меров необходимой длины (31) нам необходимо выполнить команду:

velveth Assem 31 -short -fastq trimmed.fq.gz

В результате выдача программы представляла собой папку Assem, содержащую 8 файлов: contigs.fa Graph LastGraph Log PreGraph Roadmaps Sequences stats.txt

Velvetg.

Теперь перейдём непосредственно к сборке, для этого мы воспользуемся командой: velvetg Assem.

Выдача программы:

N50: 25646 А также содержимое файла: stats.txt

Для анализа статистики воспользуемся командой: sort -nk2 stats.txt В результате мы теперь можем наглядно увидеть наиболее длинные и соответственно наиболее короткие контиги, в нашем случае:

Три самых крупных контига:

№ Длина__________________________Покрытие

6 49912 0 0 0.000000 35.907237 35.907237

9 49262 0 0 0.000000 34.772177 34.772177

5 33085 0 1 0.000000 36.259030 36.259030

Теперь отсортируем нуклеотиды по покрытию, для этого я снова использовал sort, наиболее интересная находка: 133 1 3 3 0.000000 474299.000000

Данный контиг обладает до абсурдного большим покрытием, в выдаче также присутствовало несколько контигов длины 1 также обладавших внушительными покрытиями, но этот превосходит ближайшего конкурента в 20 раз.

Megablast.

Рассмотрим выравнивания контигов: 5, 6, 9 на седьмую хромосому.

9-ый контиг.

6-ой контиг.

5-ый контиг.