Практикум 4:

Как можно видеть на картинке ниже фермент представлен двумя идентичными по структуре цепями, таким образом биологическая единица представляет собой гомодимер. На картинке ниже цепь B выделена зелёным, цепь A красным.

Ниже представлена вариант изображения выше но без лигандов и воды.

Вторичная структура белка:

На картинке выше вы можете наблюдать щелочную фосфатазу раскрашенную по вторичной структуре, внутри белка располагается серия идущих друг за другом парралельных и антипарралельных бета-листов, на поверхности белка расположены серии альфа спиралей соединённых сетью петлей.

Серия бета листов без других вторичных структур. Как можно увидеть на картинке ниже, более всего в белке среди вторичных структур представлены альфа-спирали, меньше бета-листы, ожидаемо наименьшее количество остатков находится в форме свободных петель.

Аминокислотное окружение лиганда (SO4 2-):

На картинке ниже представлено аминокислотное окружение в радиусе 5 ангстрем от лиганда SO4 2- находящегося в сопровождении двух ионов Zn2+ (большие серые атомы) и иона Mq2+ (очень большой светло-зелёный атом), как можно заметить преимущественно оно представлено остатками глутамата и гистидина.

Ниже представлено видео на котором отчетливо можно разглядеть окружение лиганда. Приятного просмотра!